李宗仁准备参加中华民国副总统的竞选。这让蒋非常的担忧，他单独召见李宗仁，让其放弃竞选，但是被李宗仁严词拒绝。 1948年4月23日，在蒋当选总统5天之后，国民大会开始了选举副总统。候选人共6人。投票结果，李宗仁以754票领先，孙科559票，程潜522票，其余更少。李宗仁虽独占鳌头，但不足法定半数以上的选票，于是依选举法规定，第二天投票在前3名中进行。 蒋见孙科可能不是李宗仁的对手，便召见袁守谦等，让其为程潜助选，并拨竞选活动费100亿元法币，24日，国民大会进行第二次竞选，李宗仁得1163票，孙科得945票，程得616票。李宗仁的得票虽然远胜孙科和程潜，但仍不足法定选票，于是决定25日进行第三次选举。 蒋原以为孙科不行，第二次选举结果见程潜得票只有孙科的三分之二，于是他又召见程潜，劝其退出竟选，并答应补偿他的竟选费用，设法把投他的票全部改投孙科，蒋的这个决策事后证明是极大的败笔。 4月28日，国大再次投票，李宗仁得1156票，孙科得1040票，程潜得515票。依法，李宗仁与孙科再由大会决选，以多数取胜。剩下李宗仁和孙科后，凡对蒋不满的人，不论哪一派，都站到李宗仁一边来。29日决选投票，李宗仁以1438票压倒孙科的1295票，当选为国民政府第一届副总统。
