1939年春，马寅初来到重庆，他目睹国民政府腐败不堪，财政部长孔祥熙等人利用手中权力，巧 取豪夺。悲愤的马寅初指名道姓，公开谴责。 马寅初时任重庆大学商学院院长，在一次有孔祥熙参加的经济学社年会上，马寅初首先发言，说：“今天我们很荣幸，财政部长孔祥熙先生在百忙之中到会。孔先生是财政专家， 又是现任主管财政命脉的最高行政长官，我想还是先请他来对当前财经情况作一指示。” 孔祥照经常出席各种会议，在众人的掌声下，他例行公事地讲了几句。 等孔祥熙讲完后，马寅初走向讲台说：“刚才部长先生讲了一通形势，我想请问 一句，在法币已经贬值、物价不断上涨的情况下，财政部不但不设法出面干预，防止因通货膨胀给人民生活带来的影响，反而突然宣布大幅度降低法币对美元的对价， 无形中对物价上涨起到推波助澜的作用。而一些有权势的人，利用手中职权，在市场上抢购美钞、黄金，在黑市上转手倒卖，大发横财，对此不知部长先生有何感想。” 主席台上的孔祥熙气得够呛，但是却不能发作，毕竟马寅初讲的是实情，他是坐又坐不得走又走不掉，只好在那里生闷气。 马寅初继续说：“我个人微薄的储蓄，都存在银行分文未动，就是将来在法币继续贬值下不值一文，如果是抗日需要，我决不会去提那些存款。” 不少到会者见马寅初敢当着孔祥熙的面揭那些丑陋的伤疤，不禁为他捏了一把汗。但又为马寅初不畏权势，敢于讲出大家想讲又不敢讲的话而感到由衷地敬佩。会场上顿时响起经久不息的掌声。 孔祥熙已如坐针毡，这时有人为了给孔祥熙解围，提议休息10分钟，孔祥熙趁机离开，从此对马寅初恨之入骨。 1940年，马寅初牵头组织召开了1940年经济学社年会，大后方地区的社员都应邀出席了年会。孔祥熙虽接到了邀请，但回想起去年被马寅初当场质问的情景，便以公务繁忙为由推辞了，只派了他的几个助手代他前往。 大会在马寅初的主持下又一次反映了民意，对当时重庆政府的财经政策提出了批评。会后孔祥熙的耳目把会议的情况向他做了汇报。孔祥熙当即气得大发雷霆，当着秘书的面大骂马寅初不识抬举。 马寅初是著名的学者，在学术界颇具声望。孔祥熙不便直接对马寅初下手，就让妻子宋蔼龄去向宋美龄吹风，让蒋介石去处理马寅初。 其实除了孔祥熙，当时军统的戴笠和中统的徐恩曾也把马寅初在公开场合批评重庆政府的言论反映给蒋介石，并建议蒋介石下决心采取措施。否则会导致其他人效仿。 蒋介石何尝不想把马寅初抓起来，但马寅初在学术界很有名望，如果仅因为他发表过一些批评意见就采取行动，会遭到很多人反对。所以蒋介石并没有立即下令逮捕马寅初，而是想找他好好谈谈，蒋介石认为，知识分子难成大器。有时别看他们怒气冲天，给一点小恩小惠，或“招安”后封个一官半职， 马上就会对你感恩戴德以报“知遇之恩”。 蒋介石的态度由宋美龄打电话告诉了孔祥熙，于是孔祥熙马上来了个180度大转弯，提出要让马寅初出任财政部副部长，以示拉拢。 马寅初对充当说客的孔祥熙秘书说：“本人无人仕之意，也无人仕之才，只适合在学校教书或搞点学问，请转告孔部长，谢谢他的好意。” 蒋介石想找马寅初谈谈，但不直接说出这层意思，便叫重庆大学校长叶元龙去和马寅初说，让马寅初到蒋的官邸作客。 叶元龙不敢怠慢，回去后找到马寅初并转告了蒋介石的意思。马寅初却说：“我一个区区百姓，有什么可谈呢？无非是要见我一面，好让我领他一个情，我看还是不去为好。” 叶元龙劝不动马寅初只好回来告诉了蒋介石，蒋介石一听就翻了脸，训斥叶元龙说：“你怎么可以让马寅初当院长，你知道他在外边是怎么骂孔院长的吗？” 由于马寅初不肯向蒋介石、孔祥熙低头，终于招致了打击和报复。 1941年春天的一个上午，一群便衣特务乘车来到马寅初的办公室说：“有一个特别会议请马先生参加，请立刻跟我们走。” 马寅初抬头看看这些要他去开会的人，立刻明白了是怎么回事，他平静地说： “我把这个报告写完，就跟你们走，请稍等片刻。” 这时，特务要绑架马寅初的消息传遍了校园，上千名学生自发地来到办公室前，将特务的车团团围住，要阻止马寅初上车。 马寅初从屋里走出来，说：“同学们放心，他们不会把我怎样， 我就会回来。”马寅初是怕学生们因为他和特务发生冲突，他不想让学生们受到伤害。 特务们将马寅初带到军统的一个据点，又在那里换上了一辆囚车，从重庆一直开往贵阳。就这样，马寅初来不及和家人告别，就被秘密押解到贵州息烽一个秘密处所软禁起来。 1942年8月，马寅初秘密被捕一年多，蒋介石迫于外界巨大的批评压力，不得不下令戴笠将马寅初带回重庆，但仍将马寅初软禁在歌乐山。直到1944年，马寅初才完全获释。 获释的马寅初依然故我，在1947年的一次演讲中，有特务威胁他不要胡说，他不为所动，说：“我晓得人群里面有特务，用手枪瞄准我的胸膛。我不怕！怕就不会到这里讲话了。
