1948年11月，特务头子毛森纵容手下“戡乱大队”在富阳逮捕了100多名所谓“共嫌分子”。陈仪电令毛森回杭州，并当面训斥:“谁叫你到富阳生事？” 当时军统（保密局）、中统的特务捕人，国民党的省主席是不能干涉，所以毛森傲慢地回答:“逮捕共嫌，安定后方，不是生事！” 陈仪勃然大怒，说：“前方战争吃紧，后方以安定为主，不宜生事，扰乱社会秩序。你在富阳捕人，富阳父老向我告状，说你偏听偏信，没有证据随意乱捕，且罪及家属，株连无辜，抢劫财产，横行不法。这样胡作非为,怎么不是生事！” 毛森虽然有保密局长毛人凤撑腰，但毕竟陈仪是浙江省主席，是毛森这个浙江省警保处处长所不能比的。毛森一气之下，打了一张“请假一个月养病”的报告，陈仪收到后当即批示:“照准。” 1948年12月，毛森来到浙南温州一带向他的手下面授机宜、搜取情报。随后就一下子抓了一百多个“共嫌”，毛森将这些人押送到杭州后，给陈仪上了一个签呈，列出名单要求陈仪批准一律枪决。 陈仪看完签呈后，批了“一律送反省院”几个字，交还毛森。毛森坚持非枪毙不可，陈仪则坚决不答应，纠缠了半天，毛森讨价还价地要求陈仪批准将名单前有“重大嫌疑”的二十几人人予以处决。 陈仪仍是不肯，对毛森说：“照我的 指示办！我负责。” 毛森愤然退出陈仪的办公室，手里拿着签呈向省府秘书长张延哲大发牢骚。离开秘书长办公室时。毛森大肆咆哮:“这种警保处长再干下去不是人！” 1949年1月，毛森派手下特务逮捕了浙江几个所谓“共嫌”学生交浙江保安司令部军法处的特刑庭处理。所谓特刑庭，是专门用以公开杀害进步人士的地方。浙江大学查明了被捕学生的下落后，立即向陈仪交涉营救。 陈仪事前毫无所闻，得知后立即电话询问军法处，军法处回复说是警保处送押来的交特刑庭处理。陈仪详细询问后，大发雷霆，立即下令让保安副司令王云沛保证这些学生安全释放,不得有任何伤害。 为了防止关押学生被秘密杀害，陈仪电话召保警总队长当面交代，说:“明天上午特刑庭要释放几个浙大学生。你要做好一切准备，防止有人从中破坏。街头巷口多派便衣监视，禁止闲杂人等停留，并派便衣警察暗中护送被扣学生安全回校。” 为了扩大反蒋起义的力量，陈仪计划改编浙江省保安团，将其扩编为两个师。但财政厅厅长陈宝麟强调南京政府没有拨款，浙江地方筹不出钱来养这么多兵。陈仪无奈，只得让这个扩军计划胎死腹中。 扩编浙江保安师的计划落空后，陈仪想把警察牢牢掌握在自己手里，可是警察局局长周康和陈仪根本是“两股道上跑的车”。为了安排自己信得过的人，陈仪选中了刚从东北辞职回来的第71军高参兼军官队队长侯定远。 1948年11月下旬，陈仪指示侯定远，将原杭州警察局的保警大队改编为省警保处的保警总队,并扩编为两个大队。 陈仪向侯定远明确指示:“浙江省府门卫和我的住宅区,由保警总队担任。任何宪警不许镇压民众 （包括工人、学生），不许对摊贩（包括鱼、肉、菜贩）敲诈勒索和买东西不给钱，不许警察吃馆子不付钱，不得打骂人力车夫，不准侮辱进城的村民。没有我的命令，保警总队不得随便调动。如发生急事，警保处和警察局需要保警总队出动时，你可以说必须要省主席的手令或电话指示，绝对不许轻易出动。这就是你的责任!”就这样，陈仪把省保警总队这支武装,掌握到自己的手里，以备一旦有事之需。 当时宁、沪、杭线上的大城市。出现银元贩子从事黑市兑换。杭州市原驻有伤兵医院，这些伤兵常出来闹事，加上前线败溃下来的散兵游勇越集越多，他们常拥塞街头，公开叫兑银元。 警察局认为有碍市区交通，派出警察和警车逮捕了一部分伤兵，引起伤兵不平，将警车推翻，并包围了警察局。警察局长周康电告保警总队长侯定远，要求加派武装解围，侯定远用电话向陈仪告知实情,，陈仪大怒，要侯定远亲自赶赴现场解决，不许带武装，不许发生流血事件。 侯定远赶到警察局，从一小侧门进入。然后在铁门内，当着门外群集的伤兵和散兵游勇的面,大声斥骂警察，并打开铁门，和颜悦色地说：“今天的事情很对不起，因为局长不在杭州，下面办事的人不懂得，所以发生很大的误会。本案不关我的事，我是保安警察总队长，听说你们双方有误会，特赶来为你们调解。逮捕的立即释放,银元分文不少交还。我是军人出身，很同情你们的生活困难，只要你们不在大街上贩卖，你们今后可以改到弄堂小巷去做银元生意，保证警察局不过问，你们看这样办如何？” 一场流血事件避免了，第二天，陈仪召集杭州市所有警察训话，很生气地训斥警察局不应该惹怒伤兵，指出警察对违法者只能劝解，不能随便捕人,并规定今后不准带枪上街。 陈仪在浙江省主席任上，尽自己最大的权限，保护进步人士、体恤民情，做了不少事情，但是却也因此引来了蒋介石的猜忌。
