1946年3月初，蒋介石一再催促戴笠迅速返回重庆。戴笠在北平主持的一次军统会议上说：“最近十几天来所表现的情况，未出我预料之外，对调查统计局的问题，看来是毁誉参半的。有人叫嚣要打倒我们，我不知道什么叫打倒，什么叫取消，我只怕我们的同志不进步，官僚腐化。如果这样，人家不打，自己也会倒的。“ 戴笠为何迟迟不去重庆开会，而滞留在北平、天津一带呢？这是因为戴笠得知蒋介石已经同意了军统局的改组方案，军统主任秘书毛人凤在蒋介石给戴笠的电谕纸的反面，注上“重庆宣（铁吾）、李（士珍）、黄（珍吾）在捣鬼，谨防端锅，请亲自呈复”数语。 面对军统要被削弱的前景，戴笠忧心忡忡，大有“鸟尽弓藏”之感。戴笠把军统骨干文强叫到其北平下榻的住所商量对策。文强建议戴笠学习当年的蒋介石，主动下野，以退为进。 戴笠清楚蒋介石所谓要将特务机关化整为零的说法不过是一个借口而已，陈立夫的作怪、宣李黄三人的捣鬼，都不过是给蒋介石充当马前卒。蒋介石的真正目的就是要通过改组军统局，削弱以致取消戴笠手中握有的特工权力，消除军统的威胁。 一旦军统化整为零，戴笠的地位、权势、富贵就会一并消失，这是戴笠真正的忧虑所在。这也是戴笠通过软顶硬扛的办法，迟迟不肯将军统改组的原因。 文强“以退为进”的对策，使戴笠茅塞顿开，心情豁然开朗。第二天，戴笠与第十一战区司令长官孙连仲见面时，告诉孙连仲，说他要返回重庆，并决定出国考察。 之后戴笠约见在北平执行军事调处任务的军统元老郑介民，在谈话中，戴笠突然把军统的家底和善后工作向郑介民作了交代。郑介民如坠雾里云中，隐约有一种吉凶难测之感。 和郑介民会面结束后，戴笠由北平飞往天津。戴笠的座机是由航空委员会拨给的专机，里面装有美国提供的当时最完善的导航设备，是可以全天候飞行的军用运输机，是当时一流的飞机，比较安全可靠。 3月15日，戴笠返回北平，来到医院秘密看望刚动完手术的东北保安司令杜聿明，两人讨论了有关军统在东北地区工作配合问题。次日，戴笠又飞往天津，又于当日到达青岛。 3月17日，戴笠的专机从青岛沧口机场起飞后，遭遇大雾天气。经与上海龙华机场联络，得知上海方面大雨如注，气候恶劣，飞机无法降落。于是，戴笠决定转飞南京。约在下午1时6分，飞机到达南京上空。1时13分，当飞机抵达南京郊县江宁板桥镇上空时，遭遇雷雨天气，飞机顿时失控，一头栽在板桥镇以南一座不足200米高的小土山岱山的半山腰上。大火在雨中熊熊燃烧了两个多小时才熄灭，机上所有行李、物品，包括10箱书画古董，均被燃烧殆尽。机上13人全部死去，无一幸免。 当蒋介石得知戴笠的专机失踪后，当即作出两项指令：一是指令空山司令周至柔马上派出几架搜索机沿青岛、南京、上海一线及周围地区寻找，弄清飞机降落的地点，并通知空军各机场协助查寻，将情况随时报告； 二是指令毛人凤马上选派1名特级特务，带上电台及1名报务员，1名外科医生，于3月17日下午即出发前往上述地区寻找，如发现飞机，就马上降落，不能降落则跳伞下去，并用电台将情况随时报告，想尽一切办法找到戴笠，活要见人，死要见尸。 3月19日上午，军统局南京办事处处长李人士带人赶到了飞机出事地点， 连续两日的暴风雨已将现场冲刷得乱七八糟，飞机残骸呈圆形抛洒在半山腰的泥泞中，被烧焦的残肢断体与飞机的残骸夹杂在一起，十分恐怖。 由于每一具尸体都烧得像一段黑炭棒，特务们已不能分清谁是戴笠，闻讯赶来的戴笠的副官贾金南，仔细辨认后才弄清从困雨沟中捞出的1具尸体是戴尸。13具尸体都由军统特务运回南京城。 下午4时左右，军统总务处长沈醉从重庆赶来，他立即指挥人将戴笠的残体先送到殡仪馆整容换衣，然后放入楠木棺材内。同时在南京中山路的军统办事处设灵堂，祭奠戴笠。 4月1日，军统局在重庆举行隆重的戴笠追悼会，所有军统内外勤的大特务全部到会。蒋介石亲自到会主祭，号召特务们要完成戴笠生前“遗愿”，继续做好特务工作，并在讲话中流了泪，参加追悼会的特务们想到自己今后的生活将难以保障，不禁悲上心头，痛哭失声。 6月11日，已迁回南京的国民党政府发布命令，追授戴笠为陆军中将军衔，6月12日，蒋介石亲率数百名军政大员及数万军民为戴笠举行大规模的葬礼。出席公祭的重要人物有国防部长白崇禧，参谋总长陈诚，国民参政会秘书长邵力子，教育部长陈立夫等人。 蒋介石亲赠题有“碧血千秋”的花圈，亲写挽联：“雄才冠群英，山河澄清仗汝迹；奇祸从天降，风云变幻痛予心。”既表达出蒋介石痛失戴笠之后的心情，又显示了对戴笠的荣宠。 戴笠死后，生前的财产被军统大特务们瓜分。戴笠的儿子戴藏宜本来拿了一辆美国汽车，不料大特务李人士前来强行索要，戴藏宜虽然痛哭大骂，但汽车还是被抢去。接着，戴藏宜被郑介民调离出军统本部，去任京沪杭铁路警备处处长。人走茶凉这个词，在戴藏宜身上体现得淋漓尽致。
