在后金的身后有一只部队一直牵制着后金，这支部队曾经取得过镇江大捷，这在明朝与后金战争过程中难得的几场胜利中的一场。还曾经攻破过赫图阿拉外围城关，可以说是一支强力牵制力量。这支部队的统帅是毛文龙。毛文龙驻扎皮岛。 袁崇焕怀疑毛文龙的东江军虚报人数，耗费军饷。同时毛文龙还做上了生意，倒卖人参，布匹等物品。朝鲜进贡道路还经过皮岛，朝鲜贡使先去皮岛在奔京城。 袁崇焕是蓟辽督师，自然要摸清辽东明军的家底，要清点东江军的时候，毛文龙的强烈反对。崇祯二年，公元1629年六月初一袁崇焕在双岛召见毛文龙。见面过程就不说了，经过几次会面，袁崇焕提出设立文官监军，粮饷由宁远转发，改编部队等要求都被毛文龙拒绝。袁崇焕还试探毛文龙回浙江老家过退休生活，毛文龙当然不干，并且自诩能解决后金问题，甚至表示朝鲜文弱可取之。朝鲜虽然是大明蕃属，但也是独立国家啊，没有朝廷命令毛文龙竟有如此野心。袁崇焕一看确实控制不住毛文龙了。袁崇焕为了达成五年复辽的目标，必须要统一指挥辽东所有的力量，但是毛文龙的东江军如果不能完全受袁崇焕节制，那关宁军就失去了牵制后金后方的重要力量。 无可奈何的袁崇焕在六月五日布置擒住毛文龙，并宣读毛文龙十二条罪状，请尚方宝剑斩杀毛文龙。 袁崇焕随后将毛文龙的二万八千部众分成四部分，分别以毛文龙儿子和部将统率。袁崇焕将此情况上疏奏报崇祯皇帝，崇祯皇帝十分惊讶，但考虑到辽东还需要袁崇焕，便下旨进行褒奖袁崇焕。揭露毛文龙的罪行，以安袁崇焕之心。同时下令抓捕在京师的毛文龙一伙，以安辽东军心。 袁崇焕斩杀总兵事前不请示，已经引起了崇祯皇帝的芥蒂，随之而来的京城保卫战，皇太极施反间计彻底激起了崇祯皇帝的疑心。
