在一个雨幕如帘的傍晚，书生宁采臣肩负着收账的重任，却在郭北县铩羽而归。归家的路途被突如其来的暴雨阻断，他的目光被一座古旧的荒寺 —— 兰若寺所吸引。这座寺庙在风雨中显得格外阴森，宁采臣却别无选择，毅然踏入其中。

刚一进门，便遇到了道士燕赤霞，燕赤霞目光警惕，劝他速速离开，可宁采臣没有听从，坚持留了下来。夜深人静之时，悠扬的琴音如丝如缕，悄然飘入宁采臣的耳中。他循声而去，邂逅了绝美女子聂小倩。然而，聂小倩实则是被树精姥姥操控的幽魂，她的任务是引诱男子，供姥姥吸食阳气。

聂小倩初次见到宁采臣时，便想按姥姥的命令杀了他，可宁采臣正直善良的气质，却如同一束温暖的光，照亮了她黑暗的内心，让她心中泛起了别样的情愫，最终没能下手。此后，燕赤霞屡次出手相救宁采臣，可宁采臣却误会他是坏人，还带着小倩一起逃亡。

在相处过程中，宁采臣和聂小倩感情日益深厚。为了帮聂小倩摆脱姥姥的控制，宁采臣决定找燕赤霞帮忙。燕赤霞被他们的真情所打动，决定出手相助。在一场惊心动魄的正邪大战中，燕赤霞施展高强法术，与姥姥展开殊死搏斗。宁采臣也不顾危险，协助燕赤霞。最终，他们成功击败了姥姥，聂小倩也摆脱了控制。

摆脱控制的聂小倩，却没有选择投胎转世，而是跟随宁采臣回到了他的老家。两人情投意合，即将结为夫妇。然而，姥姥的怨念未消，竟找上门来报仇。关键时刻，燕赤霞留下的法器发挥了作用，收了姥姥。在激烈的交锋中，聂小倩也差点被法器收走，就在众人绝望之时，奇迹发生了，聂小倩突然长出了影子，她竟然变成了真正的人。从此，宁采臣与聂小倩过上了幸福的生活，他们的爱情故事也在民间流传开来。