辛酉政变完成了清政府最高权力由“顾命八大臣”到慈禧太后的权力转移，打破了皇权专制，出现了皇太后垂帘、亲王辅政的“皇权二元化”的局面。政变后，奕訢成为议政王大臣并掌管军机处、总理各国事务衙门、内务府、宗人府等要害部门的实权，在中央政权中发展起自己的势力，逐渐成为清政府的决策人物。清政府中央权力结构的这一变化，对中国的政治格局产生了重大影响。 辛酉政变改变了清廷的内外政策。辛酉政变中，英法公使对慈禧太后和恭亲王的支持与配合，开创了西方势力干预中国朝政的先河。在奕訢主和的外交政策上，清政府对于西方的态度转为更加的依附和屈从。在对内政策上，新政府继续推行重用汉人的政策，提拔了一大批汉人官员，更加放手重用曾国藩、左宗棠、李鸿章等地方军事集团派的领袖。同时，借由和西方的“亲密关系”，清王朝开展了一场以学习西法及西方生产技术为主的洋务运动。以奕訢为首的中央洋务派集团与以曾国藩、李鸿章为主的地方洋务派相互呼应，使中国从闭关锁国逐步走向“自图振兴”，推进了洋务运动的开展。 政变后的清政府更加注重依赖汉族地武装和新起的地方实力派官僚势力，曾国藩的湘军和李鸿章的淮军一跃成为清军的主力。在清朝统治者的放手使用和扶植下，湘军集团和淮军集团迅速成为左右清政局的举足轻重的军事、政治力量，致使太平天国和全国各地人民反抗斗争所面临的形势变得更为复杂和险恶。
