关于装甲，历来是坦克技术中＂机密中的机密＂。不过，综合各方面资料，现在对９０式坦克的装甲防护，已经可以大体上搞清楚。 ９０式坦克车体为钢装甲全焊接的箱型结构，车体和炮塔的正面及炮塔前部两侧加装了复合装甲。复合装甲为模块式，用装甲盖板封住。据悉，９０式坦克采用的是先进的约束型陶瓷复合装甲。早在二战期间，日本人就开始研制复合装甲，但并未装到坦克上。战后，日本人在研制７４式坦克时，就研制出称为Ｇ装甲的复合装甲，其复合装甲技术已接近成熟。９０式坦克的复合装甲，就是对Ｇ装甲加以改进后的复合装甲。不过，对于这种复合装甲的详细情况，如装甲厚度、生产工艺等等，日本军方仍然是守口如瓶。这里给出的一些数据，多半是推测数值。 先说说９０式坦克的装甲防护所能达到的水平。这是根据日本防卫厅公布的新坦克研制指标推算出来的，分四个部位。 车体和炮塔正面部位。在想定的射击距离上，被自身的１２０毫米弹垂直命中，即使中４发弹，坦克也不会失去战斗力。 炮塔侧面部位。在１０００米的射击距离上，被３５毫米机关炮动能弹垂直命中或３０度角命中，即使中弹多发也不会丧失战斗力。 车体侧面部位。在近距离不被１４．５毫米重机枪的穿甲弹击穿。 可以认为，９０式坦克的复合装甲的防护力还是很强的。根据之前介绍的ＪＭ３３弹和ＪＭ１２Ａ１弹的穿破甲能力，可以推算出这种复合装甲的抗弹能力超过６００毫米轧制均质钢装甲（ＲＨＡ）。炮塔侧面装甲厚度当在８０毫米左右。而车体侧面的装甲为：８毫米侧裙板＋７００毫米空间距离＋３０毫米的侧面装甲。顶部装甲当为３０－４０毫米厚的单一钢装甲板。下面根据外刊的资料，以表格的形式给出９０式坦克和Ｍ１Ａ２、＂豹＂２Ａ６、＂勒克莱尔＂、Ｋ１Ａ１坦克装甲面密度的对比，以及９０式坦克各部位装甲厚度和重量的关系（推测值）。由于这部分内容专业性较强，一般读者可略去这部分内容，仅供有兴趣的＂兵器粉丝＂参考。 从此表中可以看出，在当今世界各国的主流主战坦克中，９０式主战坦克的装甲面密度数值偏小，说明其装甲防护力整体上稍显弱。具体地讲，９０式坦克的正面防护力和其他几种主战坦克相比基本相当，而侧面装甲防护则明显逊于其他几种主战坦克。 其他防护措施包括：个体式三防装置、自动灭火装置、炮塔尾部的弹药舱和车体后部的发动机舱的隔舱化布置、炮塔顶部泄压板、自动开闭式舱门和激光探测器加自动烟幕对抗系统等。
