1943年2月，陈诚任远征军司令长官，为了便于工作，他从第六战区带了一大批人员到云南楚雄组建远征军司令长官部。一直派人暗中调查第六战区的军统头子戴笠，得到了一个扳倒宿敌陈诚的机会。 陈诚在第六战区司令长官任上，他手下的一些青年军官把陈诚作为理想的辅佐对象，秘密谋划”清君侧“，准备策划一次军事行动，把蒋介石身边的那些昏庸腐朽的人物清除出去，从而使陈诚的地位更高。 这些青年军官到处拉拢人，不想错把在第六战区的军统内线当成自己人，戴笠很快便知悉了。戴笠经过一番缜密的考虑，决定暂时不打草惊蛇，而是让军统组织和特检处加强对六战区长官部这批青年军官的监视，以搜集新的证据。 戴笠和陈诚素来不和，他很想借此扳倒这个对头，但是就掌握的情报而言，陈诚并没有牵连在内。戴笠认为，在没有抓住陈诚的把柄时，过早出击，会给陈诚以脱身之机，反而功亏一篑。 陈诚在楚雄组建远征军司令部，第六战区大批青年军官被调来，这里面有一些就是那些”清君侧“的军官，他们在楚雄拟定了发起军事行动的计划，而这个计划很快就泄露了。 远征军司令长官部距离昆明不过100多公里，云南是军统力量经营多年的地方，人员集中，势力雄厚，何况军统对策划“清君侧”的这批青年军官早有监视，因此，军统很快将青年军官们的行动计划以及行动日期搞到手。特别是戴笠查清了在这批青年军官中有一人是陈诚的亲戚。 事情到这一步，戴笠认为打击陈诚的时机到了，于是，他带着此案的全部案卷，亲自向蒋介石汇报，并在暗中透风给何应钦等人，要他们注意提高警惕，以防有人对他有不利举动等等。 蒋介石听了戴笠的汇报后，大发雷霆，立即批准了戴笠的行动计划，并给陈诚下令，立即将远东军司令部内所有参加“清君侧”密谋活动的青年军官交给军统审讯。戴笠迅速行动，先后逮捕了100多人。 戴笠对被捕的首要分子亲自进行审讯，要他们供出“清君侧”军事行动是得到陈诚的支持。但审来审去，始终没有结果。 蒋介石虽然对陈诚极为信任，并且相信陈诚不会介入这次“清君侧”行动，但是陈诚作为第六战区及远征军的司令长官，负有不可推卸的责任。加之何应钦等反对陈诚的军政大员不断向蒋介石施加压力，蒋介石不得已解除了陈诚的远征军司令长官一职，对外则以陈诚养病，主动请辞职务作为借口，蒋介石另调卫立煌接任远征军司令。 戴笠为何拼尽全力地试图去打倒陈诚呢？因为陈诚一向认为军统这种特务组织成事不足败事有余，视戴笠这个军统局的实际掌舵者为仇寇。 陈诚得志很早，1938年1月，出任武汉卫戍总司令，2月兼任军委会政治部部长，6月兼湖北省主席，同时兼三青团书记长、中训团教育长，第九战区司令长官，1939年10月，改兼第六战区司令长官，从这些履历可以看出，他要比所谓的”西北王“胡宗南、”河南王“汤恩伯，更得蒋介石的信任，地位也更高。 对于陈诚，人们诟病最多的就是他的过于自负。陈诚自认为才干过人，妻子谭祥又是宋美龄的干女儿，所以他除了对蒋介石处处表现得很忠心以外，对其他实力派人物均采取排斥打击的策略。陈诚曾大骂何应钦是“烂好人”，两人关系很差；陈诚也很看不起白崇禧，讥讽他处处玩小聪明；至于胡宗南，陈诚认为此人没有真才实学，只不过靠机缘时会。对汤恩伯，陈诚的评价最低，说：“汤部以抢运物资为名，设卡走私，上行下效，军纪废弛，民怨沸腾。以致敌军来攻时，官兵无斗志，稍一接触，即溃不成军。此人真该杀一儆百，以维士气”。 如果说对何应钦、白崇禧、胡宗南、汤恩伯这些人陈诚是瞧不上的话，那么对于炙手可热的戴笠，陈诚则是连正眼都不瞧。戴笠虽然权力很大，但军统局的架子不高，戴笠本人不过是个少将军衔，?陈诚在1939年5月就被授予二级上将（1947年2月授予一级上将），两人见面时，陈诚总是居高临下，像长官见下属一样，弄得戴笠非常尬尴。 国军中的胡宗南、汤恩伯等人与戴笠及军统都有很好的合作关系，其他战区长官对戴笠至少面子上的场面还是给的，唯独陈诚在自己的”土木系“中自设特务组织，戴笠丝毫不能过问，这就让戴笠咬牙切齿，却又奈何不得。 同时，戴笠看出，陈诚是最有希望在蒋介石之后取而代之的，这显然对自己的前途是不利的，因为一旦陈诚得势，那么裁撤军统就怕是要付诸于行动了。 戴笠借着”清君侧“事件，虽然没有能把陈诚彻底打倒，但却使陈诚锐气大减。从1943年11月至1944年6月，陈诚经历了他一生中的一个空白时期。1944年6月，蒋鼎文、汤恩伯指挥不力，导致豫中会战惨败，西北告急，蒋介石对汤恩伯、蒋鼎文等人失望至极，决定重新启用陈诚，让其前往汉中任第一战区司令长官。10月，陈诚又挤掉何应钦，升任军委会军政部长，再次活跃起来。 戴笠见蒋介石如此信任陈诚，也就无可奈何了。实际上，这是戴笠误算了，戴笠只不过是蒋介石手中的一个得力打手，而陈诚有”小委员长“之称，陈诚在蒋心中的地位远非戴笠可比的。
