1925年1月，兵败的吴佩孚无处可去，乘军舰南下到黄州停泊。张作霖打算派兵武力劫持军舰，危急关头，湖南军阀赵恒惕去电邀请吴佩孚。 直系在第二次“直奉大战”中惨败，尽管直系损失的主要是两河（河南、河北）的兵力，但这都是曹锟、吴佩孚的基本部队，其余各省的直系督军在奉军大举入关，曹锟被迫通电下野后，纷纷持兵观望，无人做出主动迎接“吴大帅”的姿态。 墙倒众人推的吴佩孚，在窘迫之下，却得到和直系没有多少渊源的湖南军阀赵恒惕的主动相邀，使他非常感动。 赵恒惕将吴佩孚安排在岳阳，并给了一笔钱，让其用于招揽旧部。就在吴佩孚筹划东山再起的这个段时间，张作霖和冯玉祥在击败共同对手曹锟、吴佩孚后，关系很快破裂，冯玉祥的国民军实力不如奉军，在压力之下去就任西北边防军督办。 挤走冯玉祥后，张作霖的奉军向四处扩张，各省军阀人人自危。直系浙江督军孙传芳，虽表面归服了张作霖，但在奉系的姜登选、杨宇霆带兵进入安徽、江苏就任督军后，深感压力，他秘密联络各省军阀，提议公推吴佩孚为总司令，联合反奉， 1925年10月，孙传芳出其不意的吹响了反奉号角，大败杨宇霆、姜登选，袭占了江苏、安徽的大部。 各省督军见孙传芳轻易就击败了奉军，也摸清了奉军因占据地盘太大兵力铺的太开的死穴，群起响应。直系的湖北督军萧耀南，此前态度暧昧，不愿意让吴佩孚进入他的地界，这时见局势骤变，连忙通电支持吴佩孚，亲自带人将这个老长官迎接到了武汉。 10月下旬，吴佩孚在武汉宣布就任“十四省讨贼联军总司令”。 “讨贼联军”按理说，讨伐的主要对象是张作霖，但吴佩孚最恨的却是段祺瑞和冯玉祥，尤其是冯玉祥，吴佩孚认为若不是冯部回师偷袭，导致后路被断，他指挥的直系主力在山海关完全是可以挡住奉军的。 孙传芳表面上以吴佩孚为首，但他野心勃勃，不满足于现有的地盘，提出北上徐州，进而占据山东、河南、河北等地，将奉军赶回关外去。 11月下旬，奉军大将郭松龄在滦州通电起兵反奉，他的七万多部队，是奉军装备最好、兵员素质最高的一支，起兵后势如破竹，攻下山海关后，向最终目的地奉天攻去。 在郭松龄兵出山海关的时候，冯玉祥的国民军向直隶开进，直隶军务督办李景林本来已经与郭松龄、冯玉祥结成反张（张作霖）密盟，脱离奉系，见国民军来意不善，派人和奉系山东督办张宗昌联络，组成直鲁联军（李景林任总司令，张宗昌任副总司令），共同对抗国民军。 李景林、张宗昌担心吴佩孚、孙传芳的部队趁机北上，派代表到武汉去见吴佩孚说：“国民军如果占据了直隶和山东，加上原有的河南、陕西、甘肃及察哈尔、热河、绥远等地，那么将会实力剧增，不仅奉系不是对手，直系也不会有好下场的。” 相比张作霖，吴佩孚更恨冯玉祥，于是他给孙传芳写了封信，主张和直鲁联军“化干戈为玉帛”，张宗昌和孙传芳也有一定的交情，孙传芳这时改变计划，认为应该先把新占据的东南地盘经营好，再图发展，于是便顺水推舟的同意了。 1925年12月下旬，郭松龄兵败身死，腾出手的张作霖决定对付冯玉祥，他派代表和吴佩孚联系，提出直奉“化敌为友。” 1926年1月20日，吴佩孚公开发出讨伐冯玉祥的通电，张作霖马上响应，一年前还斗得你死我活的两人，竟然又成了“盟友”。 自吴佩孚到湖北后，昔日旧部纷纷来投，声势日隆，这让湖北督军萧耀南心情复杂。2月，萧耀南突然暴死，对外宣称是死于肺痨，但直系内部却流传说他服毒自杀的说法。萧耀南死后，吴佩孚完全控制了湖北军政，他派兵北上，向河南大举进军。 本来，国民军打得直鲁联军节节败退，但随着奉军击败郭松龄后出关作战，加之吴佩孚的部队北上，国民军陷入了三面受敌的状态，很快就不支了。 仅一个多月，吴佩孚的部队就占据了河南，河南督军兼国民军第二军军长岳维峻的十万大军覆灭，本人也当了俘虏。 吴佩孚在亲信的陪同下，重返了昔日的发迹之地洛阳，再次成为直系的灵魂人物。国民军在河南被占后，为了避免剩余部队被合围，不得不放弃了本已占据的天津等地，冯玉祥向张作霖、吴佩孚提出休战，为表示善意，他宣布下野，由亲信张之江、鹿钟麟代为指挥国民军。 负责北京卫戍的鹿钟麟，将软禁的曹锟释放，派兵将临时执政段祺瑞赶下台。段祺瑞派人联系张作霖、吴佩孚，提出直皖奉三方结盟，但遭到拒绝。 直军、奉军十几万集结于河北，国民军主力退往南口布防。被释放的曹锟，见直系在吴佩孚的带领下，东山再起，于是又想起了他丢掉的总统位置，他派亲信王坦去找吴佩孚，探听口风。 曹锟当年贿选总统的时候，吴佩孚是直系骨干中反对最激烈的，这次当然也不会同意，他对王坦说：“今时不同往日，曹三爷之前在台上，这个戏唱的确实不好，这是大家都清楚的，此事以后再说吧。“ 曹锟听了王坦的回复后，长叹一声，认为吴佩孚不会再理会他了。几天后，吴佩孚亲自来见曹锟，极尽礼节，叙旧后派人将曹锟送去开封提前置办的大宅子中养老。（图片：吴佩孚）
