荆防败毒散来源于“治疫第一方”人参败毒散。人参败毒散首载于北宋《太平惠民和剂局方》，列为伤寒门之首方，是一首流传、应用历史久远的经典治疫名方。人参败毒散去人参，加荆芥、防风，成为荆防败毒散，其组方配伍精妙，对后代影响深远，沿用至今，依然是现代临床中常常加减应用的方剂，这与其确切的临床疗效密不可分。
荆防败毒散组方中以“辛”味药为主，以透散疏利见长，对表证初起尤为适宜；其气则又以“平”性为主，实为“辛平之剂”。荆防败毒散的辛散平和，无过温热、过寒凉之弊，既无引邪入里化热之虞，又可疏散邪气于外，因此不拘于风寒、风热，俱可用之。其组方思路体现出治疫思想的长足进步，对后世温病学说的出现有一定的启发。
荆防败毒散“平而不凡，卓而有度”，可用于风热、风寒、风湿为病者，可用于呼吸系统疾患、消化系统疾患、皮肤科疾患等多种临床常见病（如感冒、疮疡、温毒、斑疹、水痘、肠风下血等）。荆防败毒散被称为“四时感冒之神剂”，适合外感风寒湿邪引起的恶寒发热、肢体疼痛，是治疗瘟病初起的良剂；除善治疫病外，同样适合疮疡、痘疹、大头瘟等毒在肌表的皮肤外科病，是荆防败毒散的应用拓展；人参败毒散作为“逆流挽舟”治痢之法的代表，荆防败毒散与人参败毒散一脉相承，俱可疏表救里，升内陷之邪气，逆挽下陷之清阳，使邪气从肌表而散，亦有逆流挽舟治泄痢之用；荆防败毒散不仅可透利邪气，疏畅气机，还可对结节等毒蕴肌表的病证有消散作用。
