2012年，杨振宁反对建造造价高达数百亿的大型粒子对撞机一事而轰动一时。其坚持的四点反对理由，至今仍引人深思。

第一，成本的风险。杨振宁指出，项目首期预算就可能达到数百亿甚至上千亿元，而实际投入极有可能远超预期。他认为，欧美一些国家曾尝试过此项目，都因预算超支而出现烂尾，中国若仓促上马，难免不会重蹈覆辙。其次，科学回报的不确定性。他认为，欧洲的大型强子对撞机（LHC）已基本验证了标准模型的有效性，除希格斯粒子外，并未出现颠覆性突破。倘投入巨资却未能发现预期中的科学成果，投入的资金无异于打了水漂。

第三，资源分配的优先级问题。当时中国的人均收入甚至不及马来西亚、巴西，与其在这个极有可能是为他人做嫁衣的项目上盲目投资，倒不如优先投入基础教育、医疗民生等更迫切的领域。第四，国内技术与人才尚未成熟。如此复杂的科学工程，当时国内既缺乏足够的技术积累，也缺少专业人才团队，极有可能陷入依赖国外专家，难以实现自主可控的局面。

现在想来，杨振宁反对建立对撞机，将省下来的有限资金投放在中国急需突破如芯片、光刻机、高铁、航空发动机等项目上，并取得了一定的突破，是多么的明智。