1949年10月初， 马步芳 逃到 台湾 后， 蒋介石 以“擅离职守”撤了他所有职务。马步芳自知在台湾已无立足之地，以三千两黄金贿赂几个大员，取得了离台手续。
1949年8月25日，第一野战军向兰州守军发起总攻，南山主要阵地当天相继被突破。26日，兰州城内守军被肃清，马步芳集团主力遭受重创，仅兰州一战即有2.7万余人被歼。
更让国民党高层难以接受的是，马步芳本人并没有留下来和自己的部队共进退。解放军发动总攻前后，他已经离开前线，后来去了重庆。兰州守城任务主要压在其子马继援身上，防线瓦解后，马继援也带着残部向西宁方向逃跑。过去那些“死守西北”的表态，到真正需要承担后果的时候，就失去了作用。
马步芳更大的误判，是把青海看成还能退守的最后地盘。他的权力根基几十年来都扎在这里，军队、地方行政和家族关系互相纠缠，他大概很清楚，只要西宁还在自己手里，就仍有讨价还价的资本。可兰州失守以后，人民解放军并没有停下来，而是迅速向青海推进。
1949年9月5日，第一野战军进入西宁，马步芳家族赖以维持统治的军事力量大部瓦解。此前马步芳已离开青海，马继援等人也相继撤走。从这一刻开始，马步芳已经不能再被当成一个有独立实力的西北军阀，而只能算一个失去根据地的败退人物。
这也解释了他后来为什么如此急于离开台湾地区。过去，蒋介石需要的是一个能控制青海、能出兵作战的马步芳，而不是一个带着家眷、没有部队、没有地盘的马步芳。军阀政治最现实的一面就在这里：你手里有枪有地盘，别人愿意和你谈条件；这些东西一丢，过去那些头衔便很难再换来真正的权力。
马步芳随后把目光转到了中东。他以赴麦加朝觐等名义离开，身边还带着数量可观的亲属和随员。1950年5月，一行人横渡红海前往开罗，后来获准在埃及居住。对于一个刚刚失掉西北地盘的人来说，这显然已经不是短期旅行，而是在寻找新的长期落脚点。
这段经历还有一个容易被忽略的背景。马步芳长期控制青海期间积累了相当多的私人财富，又拥有规模庞大的家族和随从体系，所以他即便失去军政职务，也并没有立刻陷入普通流亡者那种生活困境。这正是旧式地方统治中的一个突出问题：公权、军权和家族私产之间界限十分模糊，统治者离开以后仍可能带走大量资源。
马步芳在海外也没有完全退出台湾当局的政治关系网。1957年，他迁往沙特阿拉伯，同年8月又获得台湾当局驻沙特代表职务。这个安排很耐人寻味。八年前，他还是拥有军队的西北实力派；八年后，能够重新获得一个职位，却已经不再掌握任何独立军事力量。
他的晚年并没有因为这个身份而恢复昔日声势。1961年，围绕马月兰的家庭丑闻公开化，并牵涉台湾方面驻沙特人员宋选铨，事情很快演变成公开风波。同年8月，马步芳被免去相关职务。此后，他没有返回台湾地区，而是继续留在沙特阿拉伯。
从这条时间线再回头看1949年的“擅离职守”，就会发现那纸处分其实划出了一条非常清楚的界线。处分之前的马步芳，还是国民党西北军事体系中的一个实力人物；处分之后的马步芳，再有财富，也已经失去了决定地区局势的能力。他能够经营的只剩家族生活和海外关系，再也没有自己的军队和地盘。
这里还有一个历史教训不能忽略。马步芳集团并不是一支单纯意义上的普通军队，它与青海地方统治、家族势力和私人权力高度结合。这样的结构在中央控制薄弱、地方割据严重的年代能够生存甚至坐大，却经不起全国范围的军事、政治和社会重组。兰州战役击碎的，远不止几支部队。
人民解放军攻克兰州后继续向西推进，西宁于9月5日解放，随后西北战场局势迅速改变。兰州这场战役之所以在解放西北的进程中占有重要位置，就在于马步芳集团最有战斗力的部队遭受重创以后，青海方向已经很难重新建立有效防线。
所以，马步芳后来从台湾地区到麦加、从开罗再到吉达，看起来走了很远，实际上他的政治生命早在1949年就已经被截断。他还能拥有财富，还能短暂得到台湾当局安排的职务，却再也回不到那个靠地方军队控制大片地区的时代。时代变化之后，旧军阀能带走金银，却带不走已经失去的权力秩序。
1975年7月，马步芳在沙特阿拉伯去世，终年72岁。一个曾经在西北长期掌握军政权力的人，最后死在异国，这不是简单的个人沉浮。把他的前后经历连起来看，更像是一张旧式军阀政治的退场路线图：兰州败、青海失、军队散、台湾地区撤职，再到长期寄居海外。