波恩在中世纪曾经长期是神圣罗马帝国选帝侯的驻地。 神圣罗马帝国选帝侯之一的科隆大主教，由于1288年与科隆市民发生冲突，科隆大主教失去对科隆市的统治，于是1288年科隆大主教将行宫从科隆搬迁至波恩。  选帝侯（科隆大主教）此后在波恩住了几百年，1597年，科隆选帝侯兼巴伐利亚公爵埃恩斯特（Ernst von Bayern）颁布条例，正式将波恩宣布为科隆选帝侯国的行政首都与永久驻地（直到1794年法国军队占领波恩，随后神圣罗马帝国解体）。 当时选帝侯在波恩的宫殿（Kurfürstliches Schloss），现在成为波恩大学的主楼。