杨秀清手握实权，为什么斗不过「不务正业」的洪秀全？

因为杨秀清就没想斗。

给大家过一遍杨秀清的发家史就知道了。
最开始杨秀清是跟着萧朝贵混的（两人是亲戚），在洪秀全搞出了卷款跑路那一出之后，萧朝贵和杨秀清就取代了洪秀全成为了事实上的领袖。所以开局阶段杨秀清的主要对手是萧朝贵，最多再加上半个冯云山。

到了中期冯云山和萧朝贵相继战死，杨秀清和洪秀全这才成了直接对手。但此时两人的关系还行，因为太平天国长期处在输一场就得死的局面，每一仗都是晋级赛，大家谁都不敢内斗。所以这阶段两人主要是埋头各自发展势力。杨秀清靠打仗抢军权，洪秀全则靠怀柔拉拢萧朝贵的旧部。像韦昌辉秦日纲等人都是这时加入洪秀全阵营的。不过这个阶段洪秀全处于弱势，因为他的人在军事上必须听杨秀清的号令，但杨秀清却可以借天兄下凡无视洪秀全的调度。即我的人是我的人，你的人还是我的人，你凭什么和我斗？

后期打下天京之后胜负就更明显了。太平天国所有人都受杨秀清节制，洪秀全完全成了光杆司令。如果不是杨秀清的御下手段过于暴戾，像韦昌辉，秦日纲和陈承瑢这些非东王系都不一定跟着洪秀全走。所以杨秀清其实是死于部下反叛，跟洪秀全的关系不大。

后世的一些研究认为天京事变里最关键的人其实是陈承瑢，如果他不献门的话韦昌辉即便是偷袭也不可能打得过杨秀清（3000对两万，优势在我）。从这个角度上说杨秀清并没有犯错，他从头到尾都掌控着局面，只是意外输在二五仔身上罢了。
所以有些事情并不复杂，只是太平天国的信史太少现代人不了解内情罢了。杨秀清和洪秀全从来就不是同一级别的对手，你甚至可以把他们理解成曹操和汉献帝。天京事变就相当于刘备受了衣带诏之后半夜带着部曲偷袭许昌，恰好当天晚上值班的是上单祢衡，于是这事儿就阴差阳错地成功了。至于曹操为什么会让祢衡当门卫，那这事儿就得去问汉献帝了。

在屠完许昌的第二天，祢衡被汉献帝腰斩于市。原因未知。

大抵就是这样了。