一、国家一级保护动物
• 林麝：国内首次在峨眉山拍到带幼崽的林麝影像，是极度濒危的野生物种。
• 四川山鹧鸪：被称为“鸟中大熊猫”，已在峨眉山形成稳定种群。
• 灰胸薮鹛：中国特有珍稀鸟类，在峨眉山有稳定的栖息种群。
二、国家二级保护动物
• 藏酋猴：俗称“猴居士”，是国内体型最大的猕猴，全山分布约1000余只，是峨眉山标志性的野生动物。
• 小熊猫：峨眉山原生珍稀兽类，被列入世界自然保护联盟易危物种。
• 脆蛇蜥：罕见的无脚蜥蜴，2025年在峨眉山巡护中被发现，野外数量极其稀少。
• 峨眉白鹇：峨眉山特有亚种，被称为“林中飞仙”，有着独特的外形特征。
• 中华鬣羚：也叫“四不像”，在峨眉山的红外相机监测中多次留下亲子同游的影像。
三、峨眉山特有珍稀物种
• 峨眉齿蟾：仅分布于峨眉山的两栖类物种，是当地特有模式标本物种。
• 峨眉草蜥：中国特有物种，腹部呈独特的黄绿色，被评估为近危等级。
• 金带喙凤蝶：极其珍稀的蝴蝶物种，是峨眉山生态环境优良的标志性物种。