自然沉积：河流泛滥留下的淤泥、风沙裹挟的尘土长期堆积，逐步覆盖地表遗迹。比如开封地下叠压着6座古城，正是黄河泛滥反复淤埋的结果。
人为重建：旧城废弃后，后人常在废墟上直接筑新，垃圾与残垣被掩埋压实，使遗址逐步下沉。
主动选址：部分遗址是刻意建于地下，比如墓葬为防盗掘而深入地底。