公元前4世纪，希腊亚历山大大帝征服波斯后，波斯进入希腊化时期，琐罗亚斯德教受到沉重打击，但在公元元年前后又重新活动。在波斯万神殿中出现了希腊和波斯的混合神祇。阿胡拉·马兹达及其僚神成了太阳神、月神等的伙伴。在罗马统治时期，琐罗亚斯德教诸神之一密特拉神（太阳神）成为地中海地区普遍信仰的对象。 公元3世纪波斯萨珊王朝创建后，琐罗亚斯德教重新兴盛，取得了国教的地位。萨珊诸王都兼教主，自称阿胡拉·玛兹达的祭司长、灵魂的救世主等。他们搜集、整理希腊化时期散佚的经典，编纂了《阿维斯陀》，使该教教义有了具体、明确的内容。5世纪时，该教一部分教徒在玛兹达克的领导下，进行了一场社会和宗教改革。491～529年之间，在波斯和阿塞拜疆等地掀起了大规模的、持续不断的起义。萨珊王朝先后采取欺骗与高压的政策，起义最终被镇压。 公元7世纪萨珊王朝亡于穆斯林。起初哈里发对琐罗亚斯德教徒表示宽容，在依法纳税后容许其保持自己的信仰；若干年后强迫琐罗亚斯德教教徒改信伊斯兰教。残留在波斯本土的该教教徒，被称为迦巴尔（异教徒）。部分通过西域（今新疆）进入中国内地，使该教在南北朝和隋唐时期盛行于西域。
