山下奉文到任第4师团后，一方面奉命积极练兵，准备与苏联一战；另一方面积极参与关东军的“治安肃正”工作，对中共领导的抗联进行疯狂地“讨伐”。山下奉文此次在东北前后共驻守了10个月。而这一段时间内，也是中共领导的东北抗联最艰苦的时间。 1940年7月1日，第4师团转隶中国派遣军第11军，配置在湖北安陆地区，参加宜昌作战。但山下奉文并没有随队参战，而是在7月22日被调回东京就任日本航空总监兼本部长。本来，这一安排是一些支持山下奉文者的意图，即培养之成为不久的陆相，或者更高级职务的接班人。但就在此前不久，向来与山下奉文不和的前任航空总监兼本部长东条英机刚刚入阁，担任陆相。这使山下奉文的命运增加了更多的个人恩怨。 1940年9月27日，德、意、日三国签订同盟条约，法西斯侵略轴心形成。12月10日，山下奉文以遣德视察团团长的身份，赴德、意进行军事考察，为扩建日本航空力量进行筹备。次年7月7日，山下奉文率团回到东京。他向大本营拟交了一份关于国防机构一体化的报告，主张空军应该独立，陆军进行机械化以及添设统辖三军军政、军令的国防省、国防总长等。山下奉文的方案是为了纠正时常发生的陆海军对立、责任不明确、陆海军并立的统帅机构的弊病和缺点。这是—个极为重要的改革方案。但是，在还没有展开这项报告的宏大计划时，陆相东条英机一改以往的反对态度，于16日批准成立满洲防卫军。17日，山下奉文被任命为伪满洲防卫军司令官。山下奉文被迫于7月下旬重返中国东北，他又一次被逐出权力中心。 山下奉文来赴长春司令部到职后，许多朋友和同僚都为他抱打不平。而颇有政治头脑的山下奉文，并没有沉默下去，他依旧以职业军人的敬业精神严格地要求着自己。关东防卫军明显是一支临时拼凑起来的部队。所辖分别为第51师团、第1、第2、第3、第5、第9独立完备队。山下奉文对此也不得不接受。但他却以充分的政治头脑投身于任职中。 他积极组织所部参与关东军特别演习。此次演习开始于6月。1941年6月22日，苏德战争爆发。一些积极主张“北进”的人认为时机成熟了，于是想乘机取利，便在大本营的认可下，举行了此次具有特定意图的特别演习。1941年8月9日，日军大本营在保持高度戒备的苏联远东红军面前，因无更多利可图，便停止了演习。1941年9月18日，第51师团由山下奉文所部调编中国派遣军第23军。山下奉文便更有空头司令的味道了。就在等待新的时机中，山下奉文却毫不放弃对财富的搜罗，当地许多富族遭到了灭门之灾。
