建文四年（1402年）六月，朱棣带着燕军打到了南京城下。这时候，谷王朱橞和李景隆打开城门，直接把朱棣的大军迎进了城。 徐达的儿子徐辉祖带兵抵抗，可惜战败了，最后逃进他父亲的祠堂躲了起来。 建文帝朱允炆看着城外的燕军，知道大势已去。他下令让宫里的宫人赶紧逃走。就在这时候，皇宫里突然燃起大火，火势越来越猛。 等火灭了之后，朱允炆却不见了踪影，没人知道他去了哪里。朱棣进了城，在灰烬里找到几具烧焦的尸体，已经烧得面目全非，根本认不出是谁。 没过多久，诸王和大臣们都上奏劝朱棣登基。朱棣也不再推辞，很快就登上了皇位。 关于建文帝的下落，一直众说纷纭。有人说他真的失踪了，有人说他从皇宫地道逃出去了，还有人说他出家当了和尚。甚至有说法称，朱棣派郑和下西洋，就是为了看看建文帝是不是跑到海外去了。 其实从朱棣打进南京的那一刻起，朱允炆的结局就已经注定了。如果朱允炆活着，朱棣怎么名正言顺地当皇帝？说朱允炆不知所终，不过是朱棣为了掩人耳目，不想背负杀皇帝的恶名，堵住天下人的嘴罢了。 退一步说，就算朱棣不下令杀朱允炆，他手下的人也会主动动手，帮主子扫清称帝的障碍，这点看看小明王的结局就知道了。 至正二十六年（1366年）五月，朱元璋正在讨伐张士诚。同年十一月，朱元璋派重兵包围平江，发动了平江之战。 围城的时候，朱元璋派大将廖永忠去滁州接小明王韩林儿到应天。结果在瓜步渡江的时候，船突然沉了，小明王淹死在江里。 小明王一死，朱元璋马上宣布不再用龙凤纪年，把至正二十七年（1367年）改成了“吴元年”。朱元璋表面上是接小明王，实际上就是要除掉他，不然自己怎么当皇帝？ 朱棣的情况和朱元璋一模一样，朱棣进城的时候，他的部下率先在皇宫放火，把建文帝烧死在里面。建文帝一死，朱棣登基就没了障碍。 皇帝没了，天下不能没有君主，朱棣上位就显得合情合理。要是建文帝活着，朱棣怎么好意思称帝？那样一来，他就成了叛贼夺位，天下人都会戳他脊梁骨。 朱棣的部下为了邀功，为了让主子顺利当皇帝，肯定会心照不宣地除掉建文帝，根本不用朱棣开口。 怎么杀也有技巧，一把火烧干净，就说皇帝失踪了。这样朱棣既不会落下杀皇帝的恶名，又能顺理成章地登基，不用被天下人议论。 朱允炆其实有点太天真了，当初他削藩的时候，就应该直接下诏赐死朱棣，绝不能手软。可他居然还把朱棣的三个儿子放了回去，真是妇人之仁。要知道，对敌人仁慈，就是对自己残忍。 朱棣的儿子回去之后，成了朱棣起兵的重要借口，也让朱棣没了后顾之忧。 建文帝的下落成了历史谜团，但仔细想想，哪有那么多巧合。皇宫大火来得太及时，正好在朱棣进城时燃起，烧得什么都不剩。 朱棣登基后又到处寻找建文帝，派郑和下西洋，派胡濙在国内秘密查访，查了十几年。如果建文帝真的死了，他何必费这么大功夫？ 其实这不过是朱棣的政治手段，说建文帝失踪，既保留了自己“清君侧”的名义，又能名正言顺地登基。他心里比谁都清楚，朱允炆必须死。
