1524年，左翼三万户中的兀良哈万户与北元汗廷正式决裂。兀良哈部首领图类诺延与格勒巴拉特丞相主动出击，领兵攻打达延汗幼子格哷森札札赉尔统领的喀尔喀万户。小叔被揍，博迪汗怎能坐视不理？他与堂兄弟俺答一起领兵出征，最终在今蒙古国境内的巴尔即河附近击败了兀良哈万户军。 1524年，北元那边出了大乱子。左翼三万户里的兀良哈万户，和北元朝廷彻底闹掰了。那时候，博迪汗还小，政权摇摇晃晃的，各个部落之间老是打来打去。兀良哈万户的头儿图类诺延，还有格勒巴拉特丞相，一看机会来了，就想趁机多占点地盘。 图类诺延和格勒巴拉特丞相干脆自己动手，带着兵马去攻打喀尔喀万户，那是达延汗小儿子格哷森札札赉尔管的地方。这一下，北元朝廷的脸面往哪儿搁？博迪汗一看小叔被人欺负了，哪能不管？他赶紧叫上堂兄弟俺答，一起带着兵马出去打架，要给家族争口气。两拨人在现在的蒙古国巴尔即河那边打了起来，最后博迪汗和俺答联手，把兀良哈万户的军队打得落花流水。后来，右翼的三万户老大衮必里克和他弟弟俺答，一直追着兀良哈部不放。1531年，他们突然袭击了在阴山西边扎营的兀良哈人，图类诺延和格勒巴拉特赶忙来帮忙，结果却连连败退。到了1533年，衮必里克和俺答又出兵，翻过了杭爱山，直接打到了兀良哈部的老家。兀良哈部一点准备都没有，被打得落花流水，人和牲口都被抢走了好多。 因为兀良哈部老是反叛，博迪汗决定要彻底解决他们。他召集了左翼的察哈尔、喀尔喀，还有右翼的鄂尔多斯、土默特、永谢布，一起在八白室发誓，要全力攻打兀良哈部。1538年，五路大军都准备好了，博迪汗带着太后和左翼大军去了杭爱山北边，衮必里克和俺答带着右翼大军去了南边，两边一夹击，图类诺延、格勒巴拉特这些兀良哈部的贵族就只能投降了。博迪汗以反叛的罪名杀了几个头头，把剩下的人分散到了别的部族里。 从那以后，北元的兀良哈万户就没了。后来，俺答又两次北上清理残余，实力大涨。博迪汗为了奖励他，给了他“土谢图彻辰汗”的称号。兀良哈万户的灭亡，就是因为他们看错了形势，以为博迪汗年轻管不了事，结果却灭了一个部族。这件事也说明，北元的内部斗争越来越狠，成了历史上少有的例子。
