1945年10月6日，龙云在乘飞机去重庆时，对杜聿明说：“我自认对你不错，你为何半夜出动军队，让邱清泉的第五军炮击我的官邸和五华山，一心要置我于死地？” 二个月前，蒋介石秘密电召昆明防守司令杜聿明到重庆，一见面就说：“现在拟调龙云任军事参议院院长，恐怕他不服从命令，你要在军事上作彻底解决龙云的准备。” 8月11日，杜聿明飞回昆明，立即遵照蒋介石的指示积极准备。在军事方面，杜聿明假借演习的名义，对排长以上军官亲自教授沙盘模拟演习，对龙云所部的兵力、驻地作了调查研究，拟定了对策，准备在短时间内将龙云的武装彻底解决。 抗战胜利后，蒋介石让军委会命令龙云派卢汉率滇军主力进入越南接受日本投降，不久后，蒋介石又以接收兵力不足为由，劝说龙云再派一个军。 龙云没有看破其中的阴谋，将留在昆明，由大儿子龙绳武控制的一个师扩编为一个军，开赴越南。 这样一来，龙云在昆明剩下的兵力只有他二儿子龙绳祖控制的宪兵团和警卫营了。而重庆在昆明的部队则有第五军、青年军一个师及机场守备司令部四团、宪兵第十三团等兵力。 9月27日，蒋介石派人给杜聿明送来一封信。信中的大意是：免去龙云在云南军政所兼各职，调任军事参议院院长的命令将在近日内宣布。命令杜聿明将飞机、大炮、战车一齐准备好，万一龙云不接受命令，就立刻集中火力轰击昆明省府的所在五华山。 杜聿明在接到蒋给他的亲笔信后，经过反复考虑，连夜给蒋介石回封信，内容是：对于解决龙云的军事部署已准备妥当，只要命令一发布，在两小时内可全部解决龙云的武装，控制五华山以外的市区并恢复市内秩序。如龙云不听命令，可用一部分兵力加以解决，活捉龙云。如用飞机大炮轰击，城内居民将遭受损失，引起不良的影响。 过了一天，蒋介石复信同意杜聿明的意见，决定不使用大炮和空中飞机轰击。 然后，蒋介石为了保持机密不被泄露，事前就与宋美龄一行三十多人到西昌去了。 9月29日，蒋介石派王叔铭由西昌乘专机将调免龙云的命令送到昆明。同机到昆明的有新任命为云南省民政厅长、代理云南省主席的李宗黄等人。 当晚，杜聿明召集所部团长以上军官开会，下达行动命令。 这时，在西昌的蒋介石带起的亲随们，也大都还蒙在鼓里，他们连对杜聿明通讯专用的电报密码都没带去，杜聿明于当晚及第二天先后拍出两封电报给蒋介石，但是都无法译出。 蒋介石一天一夜没有收到杜聿明报告命令实施情况，心急如焚，责备杜聿明处理这样重大的事件，都不及时发电报。其实，蒋介石左右的侍从当时忘了带密码本，害怕被责怪，于是不敢向蒋介石说明实情。 30日拂晓，龙云在家中听到城东门方向有枪声，他马上意识到情况不妙，迅速穿上衣，从家中后门直奔五华山，到五华山后，龙云给云南各地发去电报，让各区专员、县长率领保安团队星夜向昆明前进，对杜聿明的部队实行包围反击。但是，这时由于龙云的通讯机构都已经被破坏，这些电文大都没有发出去。 10月2日，蒋介石派何应钦飞往昆明，劝说龙云，何应钦一下飞机，就指责杜聿明的做法太过火。结果，龙云却给何应钦吃了个闭门羹，拒绝与他见面。 何应钦见不着龙云，碰了一鼻子灰，尴尬地向杜聿明说：“幸亏你用武力解除了他的武装，不然真要造反。” 10月3日，宋子文乘飞机飞抵昆明，上五华山与龙云长谈，直到这时，龙云才表示愿意于4日离开昆明去重庆。 龙云与宋子文上飞机前，杜聿明和龙云的亲友部属到机场送行，杜聿明向龙云道歉说：“对不起院长，让您受惊了。” 龙云气愤异常，出言指责杜聿明，不过在临时飞机时，却又说：“这不怪你，你是奉命行事。” 在龙云离开昆明后，杜聿明将龙云的旧部集中起来，整编为一个师及一个宪兵团。 龙云到重庆后，蒋介石见他时，推脱说：“我的指示不是这样的，这是杜聿明搞错了。” 于是，龙云要求蒋介石严厉惩办杜聿明，蒋介石只得点头答应。10月14日，杜聿明忽然接到蒋介石命令，要他到重庆去。 15日，杜聿明飞抵重庆，蒋介石看到杜聿明后，态度很是和蔼，嘘寒问暖一番后，这才吞吞吐吐地说：“你解决龙云立了功，但也惹出了事端，我表面上先公布将你撤职查办的命令，以后再任你别的职务。” 杜聿明当即说：“我个人不计较任何名利地位。” 蒋介石见杜聿明答应的很痛快，笑容满面地说：“你这样识大体，很好。就照我的命令办吧。不过因为照顾龙云的关系。处分你的命令要先发表。你明天就到昆明办理交代，18日就来重庆好了。” 16日，蒋介石发表命令：“杜聿明在云南处理失当，着即撤职查办。调任关麟征为云南警备总司令。” 对杜聿明的处理，还在报刊上以头号标题登载，但其目的不过是掩人耳目罢了。 10月18日，杜聿明被撤销昆明警务总司令及第五集团军总司令之职后的第三天，蒋介石就任命杜聿明为东北保安司令长官，至此，国民党内反应再迟钝的人，也能看出“五华山事变”是怎么回事了。
