当年，孙科参与竞选副总统，作为孙中山先生的儿子，其实机会是远远大于李宗仁的，只可惜一件事让他错失良机。 1948年，国民政府为顺应潮流，改为总统制，蒋介石肯定是正总统，而副总统之位则在孙科和李宗仁之间激烈竞争中产生，至于其他候选人，只不过都是陪衬罢了。 孙科作为孙中山先生的儿子，而且又担任广州市长多年，政绩有目共睹，并且在广州、南京两地拥有众多拥护者，声望极高，不出意外的话，副总统非他莫属。 而李宗仁由于出身军阀，手握桂系几十万大军，手下更有白崇禧、黄绍竑等人辅佐，也是虎视眈眈，大有不达目的决不罢休之意。 但是，老蒋对于李宗仁向来提防，特别是对于军人干政更是相当忌讳，而文人出身的孙科更是老蒋心目中的合适人选。 不出意外的话意外就出现了，在这紧要关头，有一家报社突然爆料了孙科在抗战时期的一桩丑事，让民众一片哗然。 原来是在1945年抗战刚刚胜利之时，国民党中央信托局在上海没收了一批进口颜料，而颜料的出口国却是属于轴心国的德国，由于与中国是敌对关系，这批颜料被国民党中央信托局定性为“敌伪财产”，予以查封没收，收缴国库。没有想到的是，这批颜料的主人却是孙科的二夫人蓝妮，蓝妮对于这批进口颜料可是花了大价钱的，如今钱没挣到，货物还被没收，依然不肯善罢甘休，于是央求孙科想办法，把这批货要回来。 孙科经不住蓝妮的软磨硬泡，只得答应下来，并亲自找到了国民大会秘书长洪兰友，告诉他这批货物是夫人蓝妮的，希望能高抬贵手，将货物归原主。 只是孙科没有想到，这为日后竞争副总统埋下了导火索，成为了李宗仁攻击他的得力武器，最终败北，李宗仁则竞选成功，就连二夫人蓝妮看到孙科竟然落选副总统，也毅然离他而去，甩了他。 此时的孙科真可谓是赔了夫人又折兵，后来，他主动辞去行政院院长的职务，于1949年3月移居香港。
