1950年，孙立人和蒋经国常有争吵，张佛千劝说：“你跟蒋经国拍桌子吵架都没有关系，但也应该在公开场合表态，说一下他的好。“ 孙立人问：“你让我说些什么？" 张佛千说：“可以说蒋经国有魄力，做事认真。给外界释放消息，你和他只是在公事上看法又不同，个人并无恩怨。” 孙立人说：“再说吧”。 实际上，孙立人对张佛千的劝说并未当回事，导致他和蒋氏父子的矛盾越来越深。 1947年8月，孙立人被调离东北，去南京担任“陆军副总司令”。孙立人以练兵出名，很快又兼任陆军训练司令。不久后，孙立人前往台湾训练新军，同去的还有几百旧部，他的好友张佛千被任命为训练司令部政治部主任。 1949年，几十万蒋军先后逃台，这些部队绝大部分建制都不全，不少部队甚至军官比士兵还多。这些败兵别看打了败仗，但是长官们各有来头，嫡系部队更是骄兵悍将。 整编逃台败兵的工作，老蒋交给了孙立人。这是个出力不讨好的事情，其他人避之唯恐不及，孙立人却认真的去做了。在整训部队的过程中，不少蒋军将领对孙立人意见很大。 有一次，老蒋叫来孙立人，叮嘱说：“汤恩伯的部队近日陆续到台，你负责安顿一下。” 过了几天，汤部将领向老蒋告状，说孙立人苛待他们。老蒋召来孙立人质问：“汤恩伯的部队，你打算怎么处理？” 孙立人说：“人数较多，正在分批整训。已经腾出了部分小学的校舍，让官兵暂住。” 老蒋不悦的说：“汤恩伯的部队怎么能住校舍，你腾出训练营。” 孙立人说：“按照规定，凡是整训好的部队，才可以搬入训练营房。” 老蒋大声说：“让你的新军搬出来，汤恩伯的部队搬进去。” 孙立人坚持说：“汤恩伯的部队，如果不整训，和破铜烂铁没区别，战斗力比新军差得远，怎么能本末倒置呢。” 老蒋听到孙立人把他的嫡系部队称作“破铜烂铁”，气冲冲的说：“你这个人太自私，只看着自己的那点利益。” 孙立人倔脾气上来了，不管不顾的反驳说：“我看你才自私，把新军都撤走，靠汤恩伯的部队能打仗吗？到时候再往哪里跑？跳太平洋里吗？” 一旁的俞济时见势不妙，连忙过来劝解，孙立人随即离开。第二天中午，俞济时派车来接孙立人，说老蒋请他吃饭。 见面后，老蒋满脸笑容，言语间表达了对孙立人的重用之意。孙立人是个直脾气，也直言说他昨日说话方式不对，但绝无其他心思。 此事之后，孙立人又相继兼任台湾防卫总司令、陆军总司令，并晋升陆军二级上将。孙立人在1947年初，还是新一军的军长，短短三年时间，身兼多个要职，还实授上将，这个蹿升速度，即便是那些蒋军黄埔嫡系将领，也是望尘莫及。被称为“天子第一门生”的胡宗南，此时也还只是“中将加上将衔”。 老蒋对孙立人重用的背后，是深深的猜忌。时常以听取工作的名义，召集孙立人的部下谈话。 孙立人担任陆军总司令、防卫总司令、训练司令，三个司令部的政治部主任都是张佛千。老蒋多次召见张佛千，询问情况。 有一次，老蒋狐疑的问张佛千：“你最早并未在部队任职，为何要给孙立人当政治部主任。” 张佛千说：“我和他是安徽庐州老乡，多年的好友。到台湾，也是他邀请我来的。” 张佛千是个聪明人，他看出了老蒋对孙立人的猜忌，于是去找孙立人，请辞政治部主任。孙立人听后，颇为伤感，言辞恳切的让张佛千留下，张佛千只得作罢。 老蒋到台后，极力扶持蒋经国。蒋经国以“总政治部主任”的身份，插手军中事务。蒋军将领们心领神会，不仅不干涉，反而极力配合。孙立人对此则很是不满，屡屡抵制，争吵不断。 张佛千看在眼里，急在心中，他去劝孙立人，让适当退让，当却未能劝动。 1953年5月，黄杰和二万多残军，被法军从越南遣返回台湾。黄杰是黄埔一期生，老蒋的嫡系将领，和蒋经国的私交也极好。黄杰到台后，被晋升为陆军二级上将，之后更是成为孙立人职务的接替者。 张佛千看出了蒋氏父子的心思，于是再次去找孙立人请辞，直言说：“我看人事大调整要开始了，与其被撤职，不如主动辞职，还能好听一些。” 孙立人沉默许久后，说：“也罢，不过我还是要给你寻个去处的。” 然而，孙立人的处境，让他已无多少话语权。 1954年7月，孙立人被明升暗降为参军长，陆军总司令、防卫总司令等职务由黄杰接任。失去话语权的孙立人，每次去开会时，心情总是不好，因为得势的周至柔、黄杰、王叔铭、袁守谦、彭孟缉等人，清一色的黄埔生，他们对蒋经国极力逢迎，对孙立人冷面相对，尤其是黄杰等人，时不时的出言讥讽。 孙立人每次开会回来，都是满脸的怒容，有几次气急了，连饭都吃不消。后来，孙立人向老蒋请辞过一次，不想老蒋却随后发布命令，称特别时期，军事大员不得主动辞职。 1955年8月“孙案”发生，孙立人开始了三十多年的软禁生涯。 1988年，孙立人恢复自由后，张佛千看望时，见他在修剪盆景，就问：“这个盆景种了多久？” 孙立人回答：“我出事多久，就有多久了，我的大半生就埋在这里了。”
