就在收复伊犁到了最紧张的时刻，慈禧太后却突然把左宗棠从新疆召回，他让西征军将领把守好各个隘口， 并在中俄国境严防死守，做做好随时收复伊犁的准备。而左宗棠此去京师，不管朝廷对他如何任命，但他抵抗俄国的心是坚定的，只要俄国有开战的想法，那他一样可以带兵抗击俄军。左宗棠不收复伊犁是誓不罢休的，只可惜不能直面伊犁的俄军了。而这时百姓们听说左宗棠走时，纷纷来送行，而数年来，西征军为收复新疆而战， 为哈密及新疆黎民百姓办了很多好事，他们很舍不得； 而左宗棠回京，边境上的驻军调动频繁，俄军是万万没有想到的，他们刚开始猜不懂清朝廷这样做的意图，后来一想肯定是调左宗棠坐镇京师，准备与他们开战，而新疆的西征军由刘锦棠指挥，这是让他们忌惮的。于是让负责谈判的外交大臣谨慎行事，而俄外交大臣针对此事立马与曾纪泽展开了谈判，曾纪泽说起左宗棠调任京师是有这回事，你们的消息真是够灵通的。随后俄使说起左宗棠肯定是奉命回京的对吧，曾纪泽自然是怎么有利于国家怎么来，便说起这当然是的，如果你们不是奉上层的命令也不会突然来找我谈判，曾时的曾纪泽早就清楚他们的来意，也不多说一句话，只等俄外交官的问询后展开还击。 就这样，曾纪泽又给自己的谈判增加了一个筹码，等待下次的斡旋。左宗棠在离开新疆前把西征军所有事宜交与刘锦棠，而托付给刘锦棠的不仅是西征军的指挥权，而是将整个新疆都托付给了他。对于刘锦棠，左宗棠是完全放心他的，他跟随父亲参加湘军，父亲在平定太平天国的战争中牺牲后，便跟随叔父刘松山继续南征北战，凭着出色的卓越的才能和良好品格，他接任了叔父的班，成为老湘军的主将，年轻有为的他成为左宗棠的接班人。 在1875年被左宗棠荐为前敌指挥，总理行营事务，不到三年后平定阿古柏部，此次左宗棠回京后，刘锦棠接任左宗棠的钦差大臣，督办新疆军务等职；而在左宗棠看来，未来收复伊犁之后，新疆建省分郡县制，刘锦棠的担子便更重了！
