黑龙江女真，是明代所谓“野人部落”的主要组成分布之一，主要生活在黑龙江下游，以及外兴安岭以南地区，清初统称为“索伦”，主要分为鄂温克人、达斡尔、鄂伦春、赫哲、费雅喀、库页人等。黑龙江女真是女真中最原始的群体，他们生活的纬度高，气温地，森林沼泽密布，因而其社会长期停留在“采集—渔猎”阶段。从民族上来说，他们和南部的建州、海西都属于同一个民族，在语言上相同或者相似，现在统称“通古斯语族”。
努尔哈赤起兵以来，将统一女真视为自己的终身目标之一，但直到努尔哈赤去世，后金也只到达松花江、乌苏里江一带，尚未真正进入黑龙江流域，女真的统一任重道远。皇太极上台后，继续统一大业。他说:“尔之先世，本皆我一国之人，载籍甚明”。为此，他不断派遣使者深入黑龙江流域招抚。
此外，黑龙江地区盛产貂皮、人参、珍珠、木材，是后金对外贸易资源的主要来源地之一。如果彻底统一黑龙江女真，就可以垄断貂参贸易，获得更多经济利益。黑龙江女真长期生活在林海雪原中，生活条件艰苦，但民风彪悍，能吃苦耐劳，具有超过的战斗力和战斗意志，如纳入版图，可以扩充八旗兵源，提高军队战斗力。此外，收服整个黑龙江女真，可彻底稳固东北后方，消除北部隐患，为清朝全力南征、进取中原解除后顾之忧。
在皇太极的招抚下，黑龙江流域许多部落来归附，例如1626年“黑龙江人来朝,贡名犬及黑狐、玄狐、红狐皮,白猞猁狲、黑貂皮,青鼠皮等物”。1631年，虎尔哈部来朝，“贡貂、狐、猞猁狲等皮”；1633年，达斡尔萨哈尔察部来朝，献貂皮1769张；1634年羌图里、嘛尔干率六姓67人来朝，贡貂皮668张。
在此过程中，索伦部的巴尔达齐逐渐成为了清朝管理黑龙江的代言人。巴尔达齐，为达斡尔人，居住在精奇里江江畔，以精奇里为氏。1634年五月，巴尔达齐率44人来朝，贡貂皮1818张，“略表臣服之义”。同年八月，再次来朝贡。皇太极将宗室之女嫁给他，以示笼络。此后，巴尔达齐每年都会带领索伦头目来清朝朝贡。巴尔达奇还协助清兵统一黑龙江诸部，成为了清朝认可的民族英雄。1649年，他内迁北京，死后葬北京城外。1659年，顺治皇帝下令立碑纪念。
明末清初的东北女真和蒙古各部分布
除招抚之外，军事进攻也是不可缺少的行动。1634年，皇太极让管步兵梅勒章京霸奇兰、甲喇章京萨穆什喀率带领2500多军队出征黑龙江虎尔哈部。此次出征，大军获的了全胜。第二年，大军凯旋而归，一共获得了7300多人口，牲畜1400多头，珍贵毛皮3140张。皇太极设大宴款待将士和归顺头目，对于归顺之人，皇太极“俱赐房屋田地、衣食、器皿等物”。
但是皇太极很快了解到霸奇兰、萨穆什喀没有严格执行自己的“怀柔”措施，导致许多无辜的村寨也遭到了破坏和冲击，许多许多无辜的村民沦为的俘虏。事后，霸奇兰、萨穆什喀等主将遭到了惩罚，明确惩戒 “滥施暴虐、失远人之心”的行为。
此次出征的恶果很快就来了，那就是博穆博果尔反叛。博穆博果尔是索伦部乌鲁苏穆丹屯长博穆博果尔崛起，他能征善战，武力强盛，黑龙江“南北诸城屯俱附之”。他曾经两次来朝贡，受到皇太极热情的款待，是皇太极重点安抚的对象。清军此次出征，导致博穆博果尔管辖的多个寨子也被殃及。为此，博穆博果尔利用各寨对清军的不满，召集了数千人，逐渐继续力量。1635–1637年：他仍来朝贡，但实际上是为了探清朝虚实，暗中积蓄力量。1637年后，他拒绝朝贡，正式走上反叛之路。
1639年，皇太极派遣萨穆什喀、索海等率军出征。此次，皇太极吸取了上次军阀滥杀教训，给将士直接列出了已经归顺的村屯名单，强调“尔等师行所经屯内，有已经归附纳贡之屯。此屯内又有博穆博果尔取米之屯，恐尔等不知，误行侵扰，特开列屯名数目付尔，毋得违命骚扰侵害。行军之际,宜遣人哨探于前,防护于后，加意慎重，勿喧哗，勿参差散乱，勿忘纪律。”此战，清军再次大胜，攻克了雅克萨、铎陈、乌库尔、阿萨津、多金等城堡。
然而，清军此次出征又暴露了玩忽职守，军纪败坏的问题。左翼主将萨穆什喀在作战中，对降附的村屯不加抚绥，不按规定留守兵力，擅自将军队撤回，导致归顺的三屯百姓因无人管理而叛逃，直接给了博穆博果尔可乘之机。当博穆博果尔袭击清军辎重营时，萨穆什喀率部坐视不救，导致清军甲士、厮卒多人被杀，军械物资被夺，严重违反了协同作战的军纪。最终，清军俘获了2200多人，但未能抓住博穆博果尔。
大军凯旋后，皇太极对索海、萨穆什喀等主将进行了惩罚。为了抓住博穆博果尔，皇太极制定了秘密出征计划。为了引蛇出洞，皇太极公开造势，对外宣称 “将于黑龙江地方牧马，必擒博穆博果尔”，营造出清军将从辽东正面大举进攻的假象，迫使博穆博果尔继续向北逃窜。但皇太极却在暗中安排梅勒章京席特库、济席哈率350 名外藩蒙古轻骑从蒙古北部暗中出发，绕到了博穆博果尔北逃的必经之路。1640年12月，盛京收到捷报:“获博穆博果尔及其妻子家属,其男妇幼稚九百五十六名口,马牛八百四十四”，大臣收到消息后都惊愕不已，在这时候，皇太极才就将作战部署安排公之于众，诸人无不佩服。
随后，更多的部落归顺清朝。1640 年，外贝加尔各部收到清军出征的消息后，纷纷表示臣服，遣使入贡，清朝的疆域扩展到了贝加尔湖以东。
1643年，皇太极第三次派军北征，攻破了虎尔哈的三屯，虎尔哈的其余四屯纷纷归顺，俘获和归顺的人口多达2500多人，珍贵毛皮多达2000多张。皇太极将归顺之人编入八旗，而将俘虏分给八旗子弟为奴，并赏赐将士白银共计15384两。
经过多次的招抚和三次出征，黑龙江流域基本纳入到了清朝的版图之内。至此，皇太极完成了女真的统一，彻底结束长期分散局面。此后，女真、索伦、达斡尔、蒙古、汉人混居，促进民族交融，强化了“满洲共同体” 认同。康熙年间，就将黑龙江各部称之为“新满洲”。黑龙江各部的归顺，让清朝获得了更多精锐的兵源，他们被编入八旗的索伦营、达斡尔营，成为清军中战斗力最强的边兵，为清朝入关、平定南明、平定准噶尔做出了巨大的贡献。此外，皇太极将疆域推进到黑龙江，奠定清代东北疆域雏形。在顺治年间，黑龙江各族与清朝朝廷合力遏制沙俄东扩，共同戍守北疆，为保卫边疆做出了伟大贡献。而黑龙江各部的归顺，也为康熙时期中俄《尼布楚条约》划界提供事实依据。
另一方面，由于清军的 “各抢各得”、肆意烧杀，使得已归附部落也遭劫掠，导致黑龙江女真的反抗此起彼伏，“降而复叛” 成为常态。在长期的征伐中，大量的索伦精锐被南迁，劳动力被抽空。索伦各部每年上交大量的貂皮、东珠、人参，加重了社会负担。这种局面，也导致黑龙江的防御空虚。1643年，沙俄哥萨克就渗透到此，如入无人之境。掠夺式征服，导致各部长期敌视清廷，他们表面臣服、内心却反抗。因此，终清一代，黑龙江流域各部始终未能融入满洲之中，未能形成稳固的政治认同。新中国建立后，黑龙江各族就单独化为鄂伦春族、达斡尔族、鄂温克族、赫哲族等。