如果清政府拒绝《马关条约》赔款，后果很可能比赔款更严重。

军事上，日军仍控制辽东、山东部分地区和台湾，有能力扩大进攻，甚至威胁京津。清军北洋水师覆灭、陆战屡败，无力再战，首都安全堪忧。

外交上，俄德法“三国干涉还辽”并非帮中国，而是不愿日本独吞东北。

若中国拒赔，列强可能借机联合施压，甚至接管关税盐税，直接控制中国经济命脉。

财政与统治上，继续战争意味着军费、民变和财政危机叠加，清廷可能加速崩溃，革命或地方割据提前爆发。

国际上，拒赔会被视为不履行条约，中国更难借外债，国际信用受损，近代化进程受阻。

因此，清廷选择赔款虽是屈辱，却是在无力再战下的无奈止损。拒绝赔款看似硬气，实则可能招致更大灾难。