关于秦始皇生父的问题，司马迁并没有单方面判定秦始皇生父是谁，而是同时收录了两种不同来源的史料：
《史记·秦始皇本纪》原文：秦始皇帝者，秦庄襄王子也。庄襄王为秦质子于赵，见吕不韦姬，悦而取之，生始皇。以秦昭王四十八年生于邯郸。
《史记·吕不韦列传》原文：吕不韦取邯郸诸姬绝好善舞者与居，知有身。子楚从不韦饮，见而说之，因起为寿，请之。吕不韦怒，念业已破家为子楚，欲以钓奇，乃遂献其姬。姬自匿有身，至大期时，生子政。子楚遂立姬为夫人。
其中本纪采用秦国官方记载，写明嬴政是秦庄襄王子楚之子；列传记载了当时流传的相关传闻，两种说法一并记录没有下定论，也是后世争议的由来。