由于朱由检的三个儿子都没有逃出北京，大臣们只有从藩王中挑选。当时藩王中尚存的神宗直系子孙，有福王、惠王、瑞王、桂王四人，后面三者分别在僻远的广西、四川，离南京近的只有从河南逃来的福王朱由崧和旁系的侄儿潞王朱常淓。而福王由于血统亲近，比起其他两个远在广西的藩王来，自然近水楼台先得月。经过激烈的争吵，南京大权在握的阉党阮大铖与凤阳总督马士英联络总兵黄得功、刘良佐、高杰、刘泽清等实力派，决定拥立福王朱由崧为帝。
然而事情并没有这么简单。江南士绅中部分东林党人以福王昏庸为名，坚决反对。这是为什么呢？原来，早在天启朝时，为反对老福王继统和老福王之母郑贵妃干政，东林党人已和福藩结下不解之仇。从狭隘的一己私利出发，为防止朱由崧登位之后趁机报复，以东林领袖钱谦益为首，他们借立贤之名，大张旗鼓地推出了一个莫名其妙的继承人——潞王。