毕祖晖，是北魏时期的大臣，东平须昌（今山东省东平县）人，殿中尚书毕元宾之子。他出身于东平毕氏家族，该家族在北魏时期颇具影响力。

毕祖晖的祖父毕众敬曾任兖州刺史、东平公，他的兄弟包括毕祖朽、毕祖髦、毕祖归等人，均在北魏朝廷中担任重要职务。他本人在早年以担任奉朝请为起家官，之后逐步得以升迁，从而得以历任直后、镇远将军、前军将军、龙骧将军、东郡太守、骁骑将军、渤海郡守、颍川太守等职。

在神龟初年，毕祖晖被任命为右将军、豳州刺史。正光五年（524 年），豳州发生民变，陇贼攻逼州城，因为他此前在州中深得民心，因此朝廷便重新启用他为平西将军、豳州刺史，假安西将军，率军讨伐叛乱。

于是毕祖晖在战斗中且战且前，成功突围进入治所。孝昌初年，北海王元颢率军救援，解除了城围。因为他的保全城池之功，从而被封为新昌县开国子，食邑四百户。

到了后来，因为西讨大都督萧宝夤的兵败，毕祖晖弃城东奔华州，因此被免官爵。过了不久之后他的又被假征虏将军，代理豳州事务。

到了建义年间，朝廷下诏恢复毕祖晖的州府官爵，并且还加封他为抚军将军。最终在与叛军将领宿勤明达的作战中战死。