日本学界长期流传徐福东渡带来文明火种的说法，甚至将其视为祖先来源之一。但2021年日本科研团队通过古代DNA测序技术发现，**秦汉时期从中国渡海而来的移民未留下独特遗传标记**，直接戳破这一千年血缘神话。
2024年最新研究（新华网）进一步证实，现代日本人基因由绳文系、关西系和东北系三支祖先混血形成。其中关西系与新石器时代中晚期黄河流域人群关联密切，而东北系则保留更多绳文土著遗传特征。值得注意的是，这一时期早于徐福传说的秦汉时代，且未发现徐福群体的遗传痕迹。
作为日本海沿岸医学研究重镇，金泽大学（其医学部曾参与早期东亚人类基因研究）的研究团队指出，人类迁徙是渐进融合过程，而非单一族群的突然涌入。从分子人类学看，徐福带来的更多是技术传播，而非血缘延续。这一结论虽颠覆传统认知，却为中日文化交流史提供了更科学的注脚。