-毁灭博士拼凑出斗界已经过去一年。这片大陆上绝大多数居民都不记得多元宇宙毁灭前的世界，只有少数人保留着过往记忆。斗界整体是中世纪封建制的风貌，所有人都认定这片天地自古便存在；大家原本的人生经历都被改写，各自被赋予了全新身份 —— 领地领主、统治者、普通平民等等。但三代蜘蛛侠全都记得原来的世界，一同保有记忆的还有纳摩、少年复仇者、幻视、女浩克、死侍、萨迪・辛克饰演的琴・格雷、休・杰克曼版金刚狼、里德・理查兹以及哨兵。众人发现毁灭博士不只是这片大陆的统治者，整个现实世界的根基都由他掌控：斗界能存续，全靠他窃取洛基的力量不断维系。于是这群人组建起反抗军。反抗军分头闯入斗界各个拼接领地，兵分三路行动：穿梭一块块由破碎旧宇宙拼凑而成的领地；寻找毁灭博士这套现实体系的薄弱漏洞；拉拢那些开始出现 “记忆故障” 的人 —— 他们逐渐恢复过往记忆，或是对当下的世界产生质疑。毁灭博士手握一支雷神大军，奇异博士是他的二把手，麾下还有一众女巫组成的女巫团，再加上掠夺而来的洛基神力。叶莲娜位列第三指挥官，本身并无超能力。哨兵被他囚禁严加看管；还有一个特殊人质是史蒂夫・罗杰斯。毁灭博士特意保留了美队全部记忆，他打心底憎恨美队，想让对方亲眼见证自己的胜利：亲眼看着自己打造出全新 “完美家园”，而史蒂夫失去了一切。反抗军没有选择正面强攻毁灭博士，而是计划策反他麾下的兵力。女浩克召集所有浩克族人，死侍设法唤醒一众雷神尘封的记忆，少年复仇者联合全体变种人，汤姆・赫兰德版蜘蛛侠团结纽约各路英雄，里德・理查兹集结剩余的神奇四侠未来基金会成员。另一边，托比・马奎尔版蜘蛛侠、休・杰克曼金刚狼，再加上靠叶莲娜暗中相助逃出囚牢的史蒂夫・罗杰斯，三人动身前去寻找洛基。毁灭博士重塑万物后洛基也得以复活，他是唯一能夺回被偷走神力的人。几人在一处改造成赌场的阿斯加德领地找到了洛基 —— 这里是个腐朽阴暗、乌烟瘴气的山寨阿斯加德。他们还在这里撞见希尔维、莫比乌斯、OB 以及其他时间变异管理局（TVA）员工，全都在赌场谋生。洛基如今是赌场经理，根本不信几人说的真相，直接把他们赶了出去。反抗军陷入最低谷时，意外撞见了托尼・斯塔克。此刻的托尼终日酗酒消沉，在赌场里挥霍度日，一开始坚决不愿入伙。众人几番劝说，终于说服托尼，之后又成功说动了洛基。
终局大战斗界各地的反抗大军一同集结，猛攻毁灭博士的城堡。雷神与各路浩克联手迎战海量雷神军团；山姆带队对抗女巫团、毁灭机器人以及毁灭博士其余兵力。里德・理查兹、叶莲娜、恢复全部记忆的苏珊、史蒂夫・罗杰斯、浩克与女浩克、荷兰弟蜘蛛侠、哨兵、洛基、钢铁侠、休・杰克曼金刚狼、托比版蜘蛛侠一行人直面毁灭博士。毁灭博士的实力完全碾压众人，下手残忍地重创所有英雄，一行人险些丧命。里德和苏珊试图劝说他，点明他只是因失去家人深陷悲痛，而斗界根本无法化解这份痛苦。毁灭博士一度内心动摇，但最后还是拒绝了二人的劝解，再度出手袭击众人。千钧一发之际，托比蜘蛛侠、金刚狼和托尼挺身而出拖住毁灭博士，为洛基争取到足够时间，夺回被窃取的力量，修复破碎的多元宇宙。一切恢复原状。洛基重新登上自己的王座，在此之前，他与雷神、时间变异管理局（TVA）的朋友们作了最后的告别。所有英雄都被送回各自原本所属的宇宙。没错，死侍、金刚狼、X 战警全体以及神奇四侠都会回到各自原本的现实，并不会加入漫威电影宇宙。这一结局对后续剧情的影响尚且未知，漫威电影宇宙将维持原有脉络继续发展。
结局时间变异管理局（TVA）后来找到了史蒂夫、佩吉以及他们的儿子。在一条全新宇宙里，这个孩子得以复生 —— 这条宇宙线中一家三口曾真实相伴，却最终不幸离世。TVA 此举彻底杜绝了后续所有宇宙相撞事件的发生。动身之前，史蒂夫向 TVA 提出了最后一个请求。数年之后，已是垂暮老人的史蒂夫・罗杰斯等来了 TVA 的造访。TVA 将他送回《复联 4》结局时的 616 主宇宙，让他亲手把美队盾牌交付给山姆。在和山姆、巴基郑重道别后，他跟着 TVA 回到了那个有着佩吉与儿子相伴的现实世界。
