1938年，抗日战争全面爆发，中共中央长江局在武汉成立，领导南方各省党的工作。于光远作为抗日救亡运动的积极分子，在武汉参与了相关革命活动。
后来，于光远从武汉奔赴延安，先后在抗日军政大学、陕北公学等机构学习。他开始将物理学知识与革命实践相结合，逐步转向社会科学研究与理论工作，为后来成为著名经济学家、哲学家奠定了基础。
1939年，于光远任延安中山图书馆主任。1941年起，他从事陕甘宁边区经济的研究工作，后在延安大学财经系任教，开始了其社会科学研究生涯。