如：杜兰线边界争议：两国存在一条未被国际普遍承认的边界杜兰线。巴基斯坦试图建墙设卡，而阿富汗、包括塔利班政权通常不予承认，这是双方冲突的长期根源。还有塔利班因素的博弈：巴基斯坦曾被指为阿富汗塔利班的“后院”，但阿塔掌权后并未完全配合巴方打击其境内的“巴基斯坦塔利班”（TTP）。巴方认为阿塔包庇了越境袭击的TTP武装分子，这是近年来军事摩擦的主因；而阿塔则反指巴方空袭其领土，侵犯主权。
还有水资源与民族裂痕：印度河上游水源分配争议常引发紧张；此外，普什图族等跨境民族问题也容易被地缘博弈放大。
还有就是 外部力量的介入：巴基斯坦深度参与美国反恐战争的历史，以及其与印度的对抗关系，使得阿富汗的地缘安全经常与印巴博弈挂钩，加大了矛盾调解的难度。
目前双方仍以对话和军事施压交替的方式进行互动，局势一般处于“紧张但可控”的状态。