1948年，王耀武被优待的真正原因：不屠杀俘虏、保护民众，让他成为1959年首批获特赦的国民党高级将领。
 
1948年9月，蒋介石向驻守济南的王耀武下发密电，要求处决城内所有被俘解放军官兵与地下党员，防止城破后这些人策反守军，城内关押的在押人员接近三千人，下属多次催促王耀武签字执行处决报告，用来向上级交代战事责任。
 
王耀武没有遵照蒋介石的指令，他安排心腹专门处理释放事宜，军官每人发放五元路费，士兵发放三元路费，伤病俘虏转移到掩体避开炮火，统一开具通行条送出城外，全程不允许士兵阻拦、伤害释放人员。
 
战事持续期间，王耀武接连下达多条守城约束命令，不允许部队焚烧城内工厂、民居，不炸毁黄河铁桥，封存手中毒气弹不投入使用，同时安排人手疏散全城平民，没有把百姓当成防御屏障。
 
城防防线被攻破后，王耀武没有强迫部下一同死守殉城，告知士兵可以自行突围或是就地放下武器，不追究投降人员家属责任，9月24日济南失守，他更换百姓服饰出城，四天后在寿光被民兵俘获。
 
被俘初期，王耀武安置在华东解放军官训练团接受审查，工作人员依照战俘管理规定保障食宿，安排专人谈话记录经历，他如实交代所有作战部署与蒋介石下达的各类指令。
 
1956年，王耀武转入北京功德林战犯管理所统一改造，日常主动打扫居所，主动承担学习小组组长工作，调解战犯之间的争执，敌工部门需要喊话劝降时，他主动报名上前线广播。
 
中央通过罗瑞卿向王耀武传话：“明确区分他的功过，抗战时期正面战场作战的贡献会被记录，只要踏实改造就能重新回归普通人生活。”王耀武自此全程主动参与学习、劳动，定期提交反思材料。
 
新中国成立十年，1959年全国人大常委会出台特赦战犯决定，关押满十年、确有改恶从善表现者予以释放。王耀武同时满足抗战有功、战时保全百姓俘虏、改造态度端正三项标准，列入第一批特赦名单。
 
特赦释放后，周恩来总理接见这批人员，安排王耀武担任全国政协文史专员，发放固定薪资，组织他走访各地建设厂区，记录整理抗战、解放战争一手史料，后续推选他担任第四届全国政协特邀委员。