以告白开篇，以婚礼收官。
喵酱爱吃娱。
故事的开始是大树的告白，故事的结局是大树的婚礼。这场婚礼真是绕了好大一圈，所有人立刻欣赏这部旷世神作《石纪元》。
当有一天，绿色的光芒覆盖全球，所有人类都变成了石像。拥有科学头脑的少年千空，在这个数千年里每日数秒，他很快找到苏醒的契机，通过硫酸唤醒了体力强大的好友大树，开启了从原始时代重启人类文明。从制作最简单的工具开始，一步步点亮科技树。
然而他们遇见了理念不同的对手，营长内最强高中生狮子王司，自认为现代文明充满了腐败，只应该复活年轻人，建立一个纯粹以武力为尊的武装帝国。于是代表科学的科学王国，与代表武力的武装帝国展开了激烈的对抗。
在与司的战争结束后，科学王国迎来了新的转折，他们发现导致人类石化的神秘光源来自月球。为了彻底解决这个威胁，千空决定执行一个宏伟的计划，从零开始制造宇宙飞船，登上月球，直面幕后黑手环曼。
但时光机再次启动，所有人类再次石化，年幼的西瓜接过了复活全人类的接力棒。她独自一人面对孤独和困境，凭借从千空那里学到的知识和勇气，花了5年时间成功制造出复活液，复活了所有同伴。千空和伙伴们登上了月球，直面石化一切的元凶环曼。
原来环曼并非恶意毁灭人类，它本身是一种宇宙中的机械寄生生命体，石化的光线其实是它发出的诱饵承诺给予智慧生命永恒的生命，目的是为了引诱宿主培育它们，以躲避自身种族在宇宙中面临的生锈的宿命。
双方因为思维模式完全不同，导致了一场持续数千年的巨大误会。环曼无法理解人类为何拒绝永生，而千空等人也无法接受这种被强加的生命。最终通过交流，环曼终于理解了人类的立场，继续去寻找其他高级生命体。而千空从地球带上来的一个环曼个体则选择留下，与人类共同探索未来的可能。
之后大树和杠举办了盛大的婚礼，所有伙伴都齐聚一堂，克努姆也终于说出那句话：我们也结婚吧。好的。千空也没有停下脚步，他带领着科学组，开始着手制造时光机。计划回到过去复活所有人。在那之后后世的人称他为Dr.stone。