东晋不算南朝，这得从历史划分逻辑来说。虽然东晋接的是西晋，西晋还统一过，但南朝的定义是特定的。南朝指的是宋、齐、梁、陈这四个朝代，它们在时间上是相继的，且都以建康为都城。
东晋存续时，北方处于十六国时期，局势非常混乱。而南朝的开端是刘裕代晋建宋，自此开启了南朝时代。东晋和南朝在政治格局、朝代更替方式上有明显差异。东晋更多是门阀政治，而南朝是武将夺权为主。所以，即便东晋有正统性，也不能算进南朝这个范畴里。