日菲海域划界的基础就不存在。海域划界所依据的陆地，主权并不属于日菲。

日菲所谓海域划界，是从日本琉球最西南端的与那国岛，向南连接菲律宾巴丹群岛最北端的亚米岛（AMI Island），双方各主张200海浬专属经济区后产生重叠区域，再进一步进行划界。

这个前提本身就存在重大法律问题。

首先，日本无权以琉球群岛作为与菲律宾划界基础。依据二战后国际秩序安排、联合国宪章以及相关战后文件，琉球主权问题迄今并未完成最终法律程序。 美国当年仅取得行政管理权，后续又将行政管理权交由日本行使，但美国从未取得琉球主权，因此也不可能将主权转让给日本。美国国务院多年来对琉球及钓鱼台问题的法律立场始终一致，即美国仅拥有行政管理权，并未拥有主权。 「琉球是琉球，日本是日本，日本现在试图从与那国岛向菲律宾划界，本质上是想藉由法律形式，让菲律宾变相承认琉球属于日本领土。」

其次，菲律宾主张的法律基础也存疑。巴丹群岛位于北纬20度以北，而1898年美西战争后签署的《巴黎和约》，明确规定菲律宾群岛北界为北纬20度线，因此巴丹群岛，从国际法理上看，并非原始意义上的菲律宾群岛一部分。最大岛巴斯科（Basco）的居民使用巴丹语，不说菲律宾官方语言他加禄语; 居民日常收听的广播也多来自台湾的中国广播公司新闻网或音乐网。 从台湾兰屿往南看得到巴丹群岛，从巴丹群岛往北也看得到台湾兰屿，双方地理与文化关系都非常密切。