中美军事合作面临诸多挑战。中美军事关系向来是两国关系里最敏感、最脆弱的部分。从历史看，20世纪80年代是“蜜月期”，之后进入跌宕期。
如今，美国推动“印太战略”、拉拢盟友围堵中国，给合作添了极大不确定性。美方还常拿“航行自由”当幌子挑事，像美菲联合巡航，这严重影响地区和平与稳定。
而且中美在核心利益、战略目标、外交政策和思维文化等方面差异明显，这使得军事交流只能在磨合中前行。不过保持沟通渠道畅通能降低战略误判概率，但前景仍不明朗，中国必须靠自身实力和决心维护国家利益。