1944年，朱绍良飞抵新疆，劝说盛世才辞职，盛世才起初并不同意
1944年8月，盛世才在新疆当省政府主席期间，为了摆脱中央影响，抓了国民党在新疆的几个重要人物，比如省党部书记长黄如今、建设厅厅长林继庸等人。这些抓捕行动让重庆方面很不满。
蒋介石决定处理这件事，一方面派朱绍良等人去新疆，另一方面安排中央军往迪化方向移动，预备第7师等部队在老满城和哈密一带集结，酒泉机场也准备好飞机待命。盛世才看到中央的军事动作后，明白形势变了。
盛世才早年从辽宁到新疆，1933年通过政变上位后，一直把持军政大权。他先是靠苏联支持，后来又转向国民党，1943年加入国民党，还当了省党部主任委员。但他和中央的关系一直不稳，经常有反复。
1944年他又试图抓国民党人，想重新找退路，结果把事情闹大。中央通过军事压力和人事安排，逼他交出新疆权力。朱绍良作为第八战区司令长官，多次参与西北事务，这次直接负责传达中央决定。
8月15日左右，朱绍良从兰州飞到迪化。第二天他就向盛世才转达了中央要求辞去本兼各职的意思。当时中央军已经形成包围态势，盛世才起初不愿意马上答应。朱绍良继续说明情况，提到部队调动和中央的安排。
盛世才经过考虑，最终同意辞职。行政院后来正式决定，免去盛世才职务，任命吴忠信为新疆省政府主席，在吴忠信到任前由朱绍良暂代。9月11日，盛世才离开新疆去重庆，结束了他在新疆11年5个月的统治。
这个事件不是突然发生的。盛世才统治新疆期间，多次在苏联和国民党之间切换。1942年他转向中央后，国民党逐步派人进入新疆，恢复党部活动。盛世才当上国民党新疆省党部主任委员，但实际权力还是他自己掌握。
1944年他抓捕国民党官员后，蒋介石利用当时国际形势，中苏美英是同盟，抓住机会施压。苏联那边也对盛世才不满，把他之前想重新靠过去的电报转给了蒋介石。这让盛世才完全被动。
朱绍良在处理新疆事务上比较有经验。他之前几次去迪化，传达过蒋介石的指示，也协调过军队调动。1944年这次，他带着中央的明确命令过去，结合军事准备，完成了权力交接。
盛世才离开时，带了家人和部分亲信，还有大量行李从陆路运输。中央通过这个方式，避免了更大冲突，把新疆控制权收回来。吴忠信后来接任，处理了一些之前积累的问题。
盛世才去重庆后，蒋介石安排他当农林部长。这算是给面子，但实际权力没了。1945年新疆民众对盛世才在当地的统治有不少不满，发出讨盛文件，向国民政府反映情况。
政府迫于压力，免去了他的农林部长职务，还让法院查办。他通过各种方式求情，最后事情平息下来。此后他只担任一些虚职，没什么实权。1949年国民党去台湾，他也跟着过去，在台湾改姓低调生活，直到1970年病逝。