疫情开始时，最早上报疫情的是湖北省中西医结合医院呼吸与重症医学科主任张继先。2019年12月29日，在收治了多个来自华南海鲜市场的病例后，医院直接向省、市卫健委疾控处报告。
2020年1月1日，华南海鲜市场关闭。
1月3日，中方首次向美国和世界卫生组织（WHO）通报了疫情信息。
1月6日，湖北省中西医结合医院（新华医院）一位呼吸内科医生出现肺部异常，肺部CT显示有一小阴影，呈现磨玻璃状，但他并未去过华南海鲜市场。该院随后出现多名医护人员感染。于1月25日去世的该院耳鼻喉科主任梁武东，也是此次武汉新型冠状病毒肺炎首位去世的医务人员。
最先做出疫情防控的事香港。2019年12月31日武汉通报疫情当晚，香港即组织专家讨论。2020年1月4日，香港通报7例疑似病例，并公布应变计划、启动“严重”应变级别；1月8日，特区政府将武汉不明原因肺炎纳入“法定监管传染病”。这在当时也引起了不少非议。
1月16日，国家卫健委第一批专家组组长、来自中国疾控中心的徐建国院士在接受《Science》采访时表示：这是一个有限的感染，763名密切接触者无一发病。
1月17日，港大深圳医院的临床微生物及感染控制科主管袁国勇，将临床病例中发现这种新型肺炎人传人的消息，以书面报告的形式向中国疾控中心主任高福和广东省疾控中心做了通报。
截至1月20日，武汉卫健委的通报口径还是“密切接触者中没有发现相关病例”。当日下午，钟南山院士带领包括中国疾控中心主任高福和港大袁国勇教授在内的全部专家组成员在国家卫健委举行发布会，明确宣布：武汉新型冠状病毒肺炎“人传人”、14名医护人员感染，并呼吁“现在能不到武汉去就不去，武汉人能不出来就不出来”。