吴三桂起兵后，他在北京的儿子吴应熊认为自己是康熙的姑父，最多下狱不会被杀头。不想康熙毫不留情，下令将吴应熊及其13岁的儿子吴世霖处斩。

吴三桂因为引清兵入关、协助击败李自成大顺军，被封为平西王，奉命镇守云南，同时兼管贵州，手握重兵，权势滔天。

与此同时，尚可喜、耿精忠也凭借战功，分别被封为平南王、靖南王，镇守广东、福建，这便是历史上著名的“三藩”。

在初期，三藩确实帮助清廷稳定了南方的局势，镇压了各地的反清势力，但随着时间的推移，三藩的势力不断壮大，逐渐形成了割据一方的局面。他们掌控着地方的兵权、税赋，随意任免官员，还通过垄断贸易、兼并土地等方式，大肆搜刮民财，势力日渐膨胀，严重威胁到清廷的中央集权统治。

为了牵制吴三桂，清廷早在顺治十年就采取了政治联姻的策略。在孝庄皇太后的主持下，将皇太极的第十四女建宁公主（后来改封为和硕恪纯长公主），下嫁给了吴三桂的长子吴应熊。

就这样，吴应熊以额驸的身份留在了北京，表面上是尊贵的皇亲国戚，实则是清廷用来牵制吴三桂的人质。

婚后，吴应熊凭借这层关系，仕途一路顺畅，从三等子爵逐步晋升为少傅兼太子太傅，过着荣华富贵、安稳顺遂的生活。他也渐渐习惯了这种安逸的日子，多次劝说父亲吴三桂安分守己，不要与清廷发生冲突，安心做一方藩王。

康熙亲政之后，深知三藩势力过大的危害，一心想要削藩，加强中央集权，巩固自己的统治。

康熙十二年，平南王尚可喜因为年老多病，上书清廷，请求告老还乡，让自己的儿子尚之信承袭爵位，继续镇守广东。康熙抓住这个千载难逢的机会，不仅同意了尚可喜的退休请求，还拒绝了尚之信袭爵的要求，正式启动了削藩计划。

吴三桂和耿精忠得知消息后，心里十分不安，于是假意上书请求撤藩，想要试探清廷的真实态度，没想到康熙态度坚决，当即同意了他们的请求。这让吴三桂彻底明白，清廷是铁了心要削去他的权力，于是他下定决心，起兵反清。

康熙十二年十一月，吴三桂在云南发动叛乱，杀死了云南巡抚朱国治，自封为天下都招讨兵马大元帅，以“兴明讨虏”为口号，正式起兵反抗清廷，三藩之乱就此拉开序幕。

叛乱初期，吴三桂的军队势如破竹，迅速攻占了湖南、四川等多个省份，声势浩大，一度让清廷陷入被动局面。而此时身处北京的吴应熊，在得知父亲起兵反叛的消息后，并没有感到惊慌，反而心存侥幸。

吴应熊始终坚信，自己是康熙的姑父，与建宁公主夫妻恩爱，还有四个儿子承欢膝下，就算父亲发动叛乱，康熙看在建宁公主的面子上，也绝不会对他下死手。

在吴应熊看来，最坏的结果也不过是被打入大牢，软禁一段时间，等叛乱平息后，自己依然能够恢复往日的爵位和富贵。

因此，吴应熊拒绝了父亲派人来接他回云南的请求，只将庶子吴世璠送回云南，自己则留在北京，试图凭借皇亲国戚的身份，保全自己和家人的性命。

可吴应熊终究低估了康熙的决心和冷酷。康熙得知吴三桂起兵反叛后，当即下令削去吴三桂的爵位，历数其反叛的罪行，同时将吴应熊逮捕入狱。

朝中的大臣们纷纷上奏，请求处死吴应熊父子，兵部尚书王熙表示，吴应熊身为吴三桂的儿子，在朝中培植了不少党羽，只有将他处死，才能狠狠打击吴三桂的士气，断绝其他叛乱者的希望，激励清军将士奋勇杀敌。

康熙经过深思熟虑，最终采纳了大臣们的建议，决定斩草除根，不留任何后患。

康熙十三年四月十三日，吴应熊和他年仅13岁的儿子吴世霖，被押赴刑场，处以绞刑。

这一消息传到云南后，吴三桂悲痛交加，又惊又怒，身体也因此一蹶不振。

而建宁公主则陷入了无尽的悲痛与孤独之中，孤独地度过了余生，在康熙四十三年才郁郁而终。

吴应熊父子的死亡，虽然沉重打击了吴三桂的士气，但并没有立刻平息三藩之乱。

后来，吴三桂在衡州称帝，建立了大周政权，可仅仅几个月后，就因病去世。他的孙子吴世璠继承了皇位，继续与清廷对抗。直到康熙二十年，清军攻入昆明，吴世璠自杀身亡，这场持续了八年、波及十二个省份的三藩之乱，才算是得以平定。