朱棣称帝后，小舅子徐辉祖拒绝臣服，将自己关在祠堂，跪在父亲徐达牌位前哭泣。朱棣大怒，对皇后徐氏说：“我是真想杀了你弟弟。”

徐辉祖能有底气与帝王叫板，全靠他的出身和家底。他是明朝开国第一功臣徐达的嫡长子，妥妥的“勋贵世家”传人。父亲徐达跟着朱元璋南征北战，打下了大明江山，被封为魏国公，去世后追赠中山王，更获得了朱元璋亲赐的免死铁券，承诺徐家子孙可免死罪，这份荣耀，在明初无人能及。

更重要的是，徐辉祖的亲姐姐徐氏，正是朱棣的正妻，后来的仁孝文皇后，按说有这层关系，徐辉祖在朱棣登基后本该顺风顺水，可他却偏偏走上了“拒降”的道路。

朱元璋去世后，皇太孙朱允炆继承皇位，史称建文帝。年轻的建文帝急于加强中央集权，一上台就推行“削藩”政策，先后废除了周王、代王等多位藩王，这一举措触动了燕王朱棣的利益。

朱棣本就对侄子继位心怀不满，削藩更是让他找到了起兵的理由，很快，他便以“清君侧、靖国难”为名，在北平起兵，“靖难之役”正式爆发。

此时的徐辉祖，面临着人生中最艰难的抉择：一边是姐夫朱棣，手握重兵、气势如虹；一边是正统皇帝朱允炆，根基未稳、需要扶持。

作为徐达的儿子，徐辉祖自幼深受父亲“忠君爱国”的熏陶，他坚信朱允炆是合法的皇帝，即便朱棣是自己的亲人，他也不能背叛正统。

早在靖难之役初期，朱棣派三个儿子朱高炽、朱高煦、朱高燧前往南京祭祖，徐辉祖就看出二外甥朱高煦野心勃勃，暗中向建文帝建议将其扣留，可惜建文帝优柔寡断，听了他人的包庇之言，最终放虎归山，后来朱高煦果然成为燕军的主力大将，多次给南军造成重创。

战争期间，徐辉祖亲自率军出征，凭借出色的军事才能，多次击败燕军。白沟河之战中，南军主力遭遇惨败，将领李景隆等人纷纷溃逃，正是徐辉祖率领三万京军殿后，拼死抵抗，才避免了南军全军覆没；齐眉山之战，他更是身先士卒，指挥军队大败燕军，斩杀燕军骁将李斌，让燕军陷入进退两难的境地。

可就在战局出现转机时，建文帝却听信谗言，误以为徐辉祖因亲情故意消极作战，下令将他召回南京，失去徐辉祖牵制的南军，很快便一败涂地。

建文四年，朱棣率军渡过长江，李景隆打开金川门投降，南京城破，建文帝下落不明，朱棣顺利登上皇位。入城当天，文武百官纷纷跪地朝拜，高呼“吾皇万岁”，唯独徐辉祖拒不现身。他独自一人躲进了徐达祠堂，将大门紧锁，跪在父亲的牌位前痛哭流涕，一边哭一边诉说自己的苦衷，不愿背
叛建文帝，不愿辜负父亲的教诲。

朱棣得知徐辉祖拒不出迎后，气得火冒三丈，亲自前往徐达祠堂召见他，可徐辉祖始终一言不发，甚至连看都不看他一眼，摆出一副宁死不屈的姿态。

朱棣恼羞成怒，下令将徐辉祖关进大牢，让司法官员逼迫他招供认罪，可徐辉祖始终硬气到底，只在纸上写下“中山王开国功臣子孙免死”几个字，以此表明自己的立场。

回到皇宫后，朱棣依旧怒火难平，对着徐皇后咬牙说道：“我是真想杀了你弟弟！”

尽管朱棣怒火中烧，但他心里清楚，杀徐辉祖容易，后续的麻烦却很多。

首先，徐达是开国元勋，深受朝野上下的敬重，杀他的儿子会落得“屠戮功臣”的骂名，不利于自己稳固统治；其次，徐辉祖是徐皇后的亲弟弟，杀了他会深深伤害皇后的心，也会让徐家乃至整个勋贵集团寒心。

再者，朱元璋亲赐的免死铁券，也让他有了不能杀的顾忌。

最终，朱棣还是选择了手下留情，削去徐辉祖的魏国公爵位，将他软禁在徐家府邸，不得随意出入。
被软禁的五年里，徐辉祖始终坚守自己的气节，闭门谢客，不与永乐朝的官员有任何往来，即便徐皇后前来探望、劝说他妥协，他也始终不为所动，声称宅门外的天下都是朱棣的，自己此生绝不会踏出宅门一步。

永乐五年，徐辉祖在长期的抑郁与苦闷中病逝，他去世后，朱棣念及徐达的开国功绩，不愿让徐家断了传承，下诏让徐辉祖的长子徐钦承袭魏国公爵位。

在万历年间，朝廷在南京设立表忠祠，收录建文时期的忠臣，徐辉祖位居首位；南明时期，他被追赠太师，谥号“忠贞”，终于得到了应有的认可与褒奖。