1928年5月1日，北伐军进驻济南，日本为阻止中国统一，以“保护侨民”为借口，派第6师团5000余人从青岛登陆，进驻济南商埠，构筑工事、划定“警备区”，蓄意挑衅

日军进城后，在商埠无故捕杀北伐军官兵，制造多起流血事件 。5月2日，日军挑衅升级，公然杀害徒手的北伐军官兵。 5月3日晨，日军率先开枪，突袭北伐军驻地、随意射杀路人，开始无差别屠杀
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血洗交涉署（当夜9时）：日军闯入山东交涉公署，将外交处长蔡公时等18名外交人员捆绑毒打；蔡公时怒斥暴行，被日军割耳鼻、剜舌眼，随后17人遭机枪扫射遇难（1人逃生）
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全城屠杀：日军以“搜捕北伐军”为名，沿街洗劫，扫射平民、焚烧房屋、奸淫妇女，手段残忍

​5月7日，日军向国民政府发出最后通牒，要求北伐军撤军、严惩将领，不等答复便发起总攻，用炮火轰击济南城墙。5月11日，日军完全占领济南，屠城达到顶峰。短短十几天内，中国军民死伤超万人，财产损失高达数千万元。而国民政府却选择妥协退让，命令北伐军绕道继续北伐，未能对日军采取任何反击

日军占领济南后，随即建立起高压军事管制：设立警备司令部，实行宵禁与严苛盘查，随意以“北伐军便衣”的罪名抓捕处决平民；对商埠区实施封锁，大肆洗劫银行、商铺与民居，将物资劫掠一空。外交上，日本始终否认屠杀事实，反诬北伐军挑起冲突，拒绝撤兵并向国民政府持续施压，试图借此巩固其在山东的特权。而国民政府则采取了隐忍的应对策略，一方面向国际联盟申诉，试图借助国际舆论施压却收效甚微；另一方面命令北伐军绕道继续北伐，始终未对日军采取强硬反击

1928年底，随着北伐完成、东北易帜，国民政府形式上统一全国，国际舆论对日本的谴责也日益高涨。1929年3月，中日双方就济南惨案问题开启谈判，国民政府最终做出妥协，以换文形式解决纠纷，日本则承诺从山东撤军。同年5月，日军分批撤出济南，这场持续一年多的军事占领宣告结束。但山东问题并未彻底解决，日本仍保留了在青岛等地的特权与驻军，而济南惨案中日本军国主义的嚣张气焰，也为后来的九一八事变与全面侵华埋下了危险的伏笔