年度企业所得税汇算清缴时，系统弹窗提示，被投资企业有盈利
这个提示是税务系统在帮你做“风险筛查”，并不直接意味着需要补税。核心需要判断的是：公司对被投资企业的会计记账方式（成本法还是权益法），以及该企业是否实际进行了分红。
个人认为被提示企业持有被投资企业的股权是不到50%，在此种情况下，对被投资企业的损益按权益法核算。如果持有被投资企业比例超过50%，则用成本法核算被投资企业损益，在此种情况下系统不会弹窗提示。
对于上述弹窗提示，要根据公司的会计核算方式，分两种情况处理：
一、被投资企业盈利，但未实际分红 ： 一般无需缴税
政策依据：企业所得税遵循“实际收到”原则。只要被投资企业没有做出利润分配决定，公司就没有实现法律意义上的“股息、红利所得”，无需缴纳企业所得税。
二、被投资企业盈利，且已宣告或实际分红： 通常为“免税收入”
政策依据：如果公司是直接投资于其他居民企业（公司制），或者持有上市公司股票超过12个月，这笔分红属于“符合条件的居民企业之间的股息、红利”，是免征企业所得税的。
总之，权益法下被投资企业盈利但未分红，会计上作投资收益的，做纳税调减；实际分红到账的，做免税申报。