乾隆因为对南疆的宗教作乱采取了武力镇压行动才使南疆形势得以稳定下来。乾隆皇帝认为，宗教一事可大可小。宗教可以是收纳人心教化万民的利器。但若与分裂势力结合，宗教同样能成为分疆裂土的有力工具。基于这点认识，在攻克南疆后乾隆仍命清军翻越帕米尔高原擒抓白和卓家族。诛杀两和卓后，大和卓仍有一子遗留在外，乾隆皇帝对这个逃过清军追捕的和卓后裔仍然忧心忡忡。1784年，在乾隆的御令下，浩罕汗国2000人马进入霍占特境内展开了抓捕萨木萨克的行动。就在浩罕军队擒获萨木萨克一行决定返程的关键时刻，狂热的信徒们硬是从浩罕军队手中解救出了此人，清朝擒拿萨木萨克的计划再次泡汤。1799年乾隆皇帝驾崩。当了四年而皇帝的嘉庆帝才算真正独掌大权。不同于乾隆皇帝对南疆宗教势力的忌惮，嘉庆皇帝对圣裔的存在持蔑视态度。或许是乾隆在位时间过长将九九不得继位的嘉庆压制得有了逆反心理。嘉庆对乾隆大费周章搜查所谓圣裔萨木萨克的行为给予了彻底的否定。嘉庆四年五月，乾隆皇帝驾崩3个月后。清朝在南疆的密探传回了萨木萨克已经进入布哈拉的消息。得到消息的嘉庆皇帝不但不引起重视，反而严厉斥责了南疆官员。嘉庆责问南疆官员不务正业，不以稳定边疆为目的，反而没事找事追捕什么残渣余孽。嘉庆甚至认为根本不存在这个所谓的和卓后裔，萨木萨克只是南疆官员为邀功凭空捏造出来的人物。正是嘉庆帝的傲慢与偏见才导致清朝再次错过将萨木萨克擒拿的好机会。一个国家在其国力的上升阶段，所有的问题和矛盾往往在外战胜利的光辉中很容易被掩盖，但一旦国力衰退，被掩盖的矛盾便会如雨后春笋般层层冒出，一个小小的问题都有可能酝酿成为一场大祸乱的导火索。乾隆到嘉庆朝，清朝在中亚和新疆的威慑力还算强大。因此，境外的宗教分子想要发动信徒聚众作乱难度极大。所以直到1809年萨木萨克去世，此人到死也未能在新疆地区掀起乱局，萨木萨克虽死。但他却留下了三个儿子，他的儿子们开始登上舞台成为作乱新疆的主角。