西湖的水全部流入就京杭大运河，最终流入长江。由于京杭大运河南端比钱塘江水位低很多，大运河的水不可能流入钱塘江，在三堡建有京杭大运河南端的第一个船闸，每天有大量的钱塘江经三堡船闸流入大运河。另外，发源于杭州临安区、流经余杭区、临平区的苕溪河的水流入到太湖，最终也汇入长江。