肠道神经系统还拥有属于自己的免疫保卫的细胞。另外，像血清素、谷氨酸盐，神经肽蛋白等物质的存在也加大了它与大脑的相似性。
因此肠道神经系统被称为第二大脑。
第二大脑的主要机能是监控胃部活动及消化过程，观察食物特点、调节消化速度、加快或者放慢消化液分泌。
在精神紧张情况下，第二大脑会像大脑一样分泌出专门的荷尔蒙，其中有过量的血清素。人有时有一种“猫抓心”的感觉。在特别严重的情况下，如惊吓、胃部遭到刺激则会出现腹泻。
倘若有进一步的不良刺激作用，那么胃将根据大脑指令分此出会引起胃炎，胃溃疡的物质。机反，第二大脑的活动也会影响大脑的活动。比如，将消化不良的信号回送到大脑，从而引起恶心、头痛或者其它不舒服的感觉。
