徐家汇藏书命运多舛。七十年代，由于土山湾房屋包租，其中许多书籍被作为废纸回炉。而据姚鹏先生在《往训万民》一书中所载，2010年至2012年左右，五十年代封存于徐家汇旧建筑中的书籍，甚至手稿、照片等纸品被运往金山、嘉兴等地的造纸厂销毁。这些纸品中不仅有徐家汇自身所藏，也包括首善堂等其他机构的藏品。

时至今日，其中的一些书籍文献逃过一劫，偶见于市场，这几个月有幸觅得其中一些。除了比较常见的神学书籍外，徐家汇旧藏中不乏佛、道经文和古旧地图。土山湾曾出版不少翔实的汉学研究。想必正是基于这些费心收集的资料，诸如禄是遒所书《中国民间信仰研究》与夏之时所编《中国坤舆详志》才得以成书。