1880年，慈禧太后痔疮发作，御医们束手无策。
光绪六年春季，紫禁城笼罩在一片紧张气氛中。慈禧太后身体不适，据说是臀部疾患，难以安坐。太医院的医官们轮番诊治，开了数十张药方，药渣堆积如山，但太后的病情却日益加重。宫中侍奉的太监、宫女们都小心翼翼，唯恐触怒龙颜。一日，几名御医在帘外禀报病情，慈禧太后痛得倒抽冷气，一把抓起茶杯摔在地上，怒斥道：“一群庸医！连个小小的痔疮都治不好！”瓷器碎片散落一地，御医们吓得浑身颤抖。其实，众人心里都清楚，太后的病症并非表面那么简单。谁又敢揭露咸丰帝驾崩多年后，太后竟再次有孕的惊天秘密呢？
总管李莲英焦急万分，暗中从无锡请来了一位名医薛福辰。薛福辰带着药箱进入宫殿时，殿内众人无不提心吊胆。这位大夫却胆识过人，隔着纱帐诊脉后，毫不犹豫地取出一根三寸长的银针，直刺太后腰部穴位。慈禧太后痛呼一声，险些从床上滚落。李莲英吓得脸色惨白，却见薛福辰镇定自若地收回银针，说道：“淤血阻滞，此针可疏通气血。”
薛福辰的胆量并非一日练成。他自道光十二年出生于无锡薛家，祖上三代皆为医者。他自幼耳濡目染，六岁便能辨认各种药材。乡邻们至今仍记得，薛福辰十岁那年，当地霍乱肆虐，他父亲因劳累过度倒下，年仅十岁的薛福辰竟独自开方抓药，挽救了两条性命。十六岁时，他进入苏州回春堂学医，曾有一次掌柜治不好一位腹胀患者，他暗中施针，当晚病人便排出大量污物。咸丰五年，他考中秀才，却放弃仕途，前往山东担任七品县丞。上任伊始便遭遇黄河决堤，他带领民众奋战洪水，保住了三十里河堤。光绪三年山西大旱，薛福辰时任知州，他开仓放粮，自己却吃野菜充饥，百姓敬仰他为“薛青天”，州衙门前都堆满了百姓送来的匾额。
当年秋季，紫禁城下旨，令各省举荐名医。直隶总督李鸿章力荐薛福辰。光绪帝在养心殿召见他时忧心忡忡：“太后身体抱恙数月，望先生妙手回春。”薛福辰心中一惊，京中御医众多，为何要千里迢迢请他？进入储秀宫后，他隔着纱帐为慈禧诊脉，顿时背脊发凉，这脉象分明是孕妇才有的喜脉！慈禧太后守寡二十余年，此事一旦泄露，后果不堪设想。他强作镇定，收回手，缓缓说道：“太后操劳国事过度，气血凝滞于下焦。臣开具方剂，活血化瘀即可。”此言滴水不漏，既指明病症部位，又巧妙地避开了关键问题。慈禧太后松了一口气，赞赏他“医道通神”。薛福辰却面临难题，仅靠活血化瘀远远不够。他灵机一动，谎称家传秘方需特殊炮制，请求三十六个时辰的准备时间。
出宫后，他配制了一副打胎药，亲手熬制成浓稠药汤。三日后，药汤呈上，慈禧太后服下后当晚便见红。次日清晨，她竟能下床用餐，赏赐白银千两，并御笔亲题“妙手回春”金匾。薛福辰升任直隶通永道，成为光绪朝最显赫的官员之一。然而好景不长，慈禧太后身体康复后，越想越害怕，担心薛福辰知道太多秘密。深秋某日清晨，薛福辰家仆慌忙跑到衙门：“老爷快逃！宫中派人来灭口了！”薛福辰来不及多想，立即回家，吩咐家人准备丧事。等东厂人员闯入时，只见院内一片缟素，灵堂上摆放着棺木，薛夫人哭晕在棺材前。东厂人员打开棺盖，见棺中躺着一具面色灰败的“尸体”，探了鼻息，确实已无气息，只得悻悻而去。其实棺中躺的是薛家老仆，薛福辰早已逃离。他改名换姓回到无锡，在惠山脚下开设了一家小医馆。
一次，他为一名樵夫治伤，樵夫盯着他看了许久，说道：“您长得真像当年为太后治病的薛道台。”薛福辰手一抖，银针差点扎偏：“那位大人……早已故去了。”此事后来传得神乎其神，都说薛神医有起死回生之术。只有他自己知道，那天躺在棺材里听着钉子入棺的声音，才真正领悟到医道：治得了病，救不了命；医得好身，医不好心。紫禁城的那碗药，既救了慈禧太后的性命，也差点要了他的命。悬壶济世的招牌下，隐藏着步步惊心的秘密。
